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1989青蘋果鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)
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[交流]
細(xì)菌全基因組測序 已有2人參與
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細(xì)菌全基因組測序的DNA提取是不是不能用一般的提取方法？那么有哪些方法可以提取DNA用來做全基因組測序呢？ [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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2樓2013-10-16 09:59:12
★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
snoopytbw: 金幣+3, 應(yīng)助指數(shù)+1, 有幫助 2018-06-14 11:21:28
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snoopytbw: 金幣+3, 應(yīng)助指數(shù)+1, 有幫助 2018-06-14 11:21:28
| 目前有效提取細(xì)菌菌株總DNA的方法,分別有SDS法、CTAB-SDS法、試劑盒法和改良試劑盒法。湖南師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院曾對對蘇云金芽胞桿菌、粘細(xì)菌和放線菌進(jìn)行總DNA的提取、電泳檢測、NanoDrop 2000測定、PCR擴(kuò)增.對放線菌和蘇云金芽胞桿菌,用改良試劑盒法所提取的總DNA純度較高,電泳條帶清晰,DNA主帶位于23 kb,單位體積菌液所提取到的總DNA較SDS法和CTAB-SDS法高,能滿足下游的PCR擴(kuò)增等分子操作.對待測樣品所做的質(zhì)檢報(bào)告也證實(shí)樣品合格,可用于后續(xù)建庫、測序.而粘細(xì)菌提取到的總DNA由于它們的OD260/230在2.0以下,沒有達(dá)到第三代測序樣品的要求.改良試劑盒法所提取到的總DNA大多數(shù)可以滿足第三代測序技術(shù)樣品制備的要求。天津生物芯片PacBio SMRT三代測序技術(shù)不僅可以得到長讀長以及高準(zhǔn)確率的序列，簡化了細(xì)菌完成圖的組裝，而且，在測序中直接識(shí)別堿基修飾，在原始數(shù)據(jù)中獲得細(xì)菌表觀遺傳的數(shù)據(jù)。 |
3樓2018-06-14 10:45:58
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