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836449366金蟲 (小有名氣)
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[求助]
集群和進(jìn)程的問題
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你好，我有幾個(gè)問題要問： 1.集群有多少個(gè)核數(shù)怎樣知道？ 2.qstat -n后會(huì)看到cc02/17+cc02/18, 這個(gè)又指的是什么？ 3. pbs腳本中，nodes=N:ppn=M, 這個(gè)結(jié)點(diǎn)，處理器，與核數(shù)，進(jìn)程數(shù)有什么關(guān)系？ 4.pbs腳本中，怎樣設(shè)置使得任務(wù)在指定的計(jì)算節(jié)點(diǎn)上計(jì)算？ 5.gjf文件中設(shè)置的mem,noprc與pbs腳本上設(shè)置的nodes,ppn有什么聯(lián)系？?jī)烧咴鯓釉O(shè)置才能最大效率的使用集群？ 求大神幫忙！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2013-10-02 09:15:40
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2013-10-02 09:15:40
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1. a: cat /proc/cpuinfo b: top 下按 1 2. job在使用 cc02的17 和 18 兩個(gè)cpu 3. N＝請(qǐng)求的節(jié)點(diǎn)數(shù) M＝請(qǐng)求的cpu數(shù)目 至實(shí)際使用了多少要看mpirun后面的參數(shù) 4. nodes＝nodename:ppn=cpunumber 比如cc02上用2個(gè)cpu nodes＝cc02:ppn=2 5.不懂gjf |
2樓2013-10-01 01:10:45
836449366
金蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
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謝謝你的回答， 第三個(gè)問題能不能具體點(diǎn), nodes=N:ppn=M, N是請(qǐng)求的節(jié)點(diǎn)數(shù)；M是請(qǐng)求的cpu數(shù)目，我想問的是，M最大能夠設(shè)置多大？還有什么叫做節(jié)點(diǎn)？ 第五個(gè)問題，不知道大神用過量子化學(xué)的高斯軟件沒有？如果沒用過，不懂也是正常，我就簡(jiǎn)單說(shuō)說(shuō)，gjf文件是輸入文件，里面有個(gè)設(shè)置是這樣的，%mem=200mw，%nproc=4，我的問題是輸入文件中的mem,noprc與pbs腳本上設(shè)置的nodes,ppn有什么聯(lián)系？?jī)烧咴鯓釉O(shè)置才能最大效率的使用集群？ 謝謝大神！ |
3樓2013-10-04 21:23:10
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
liliangfang: 金幣+2, 謝謝交流 2013-10-06 09:42:47
liliangfang: 金幣+2, 謝謝交流 2013-10-06 09:42:47
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N＝請(qǐng)求的節(jié)點(diǎn)數(shù) M＝請(qǐng)求的cpu數(shù) 一個(gè)節(jié)點(diǎn)是有多個(gè)核的，比如我們實(shí)驗(yàn)室用的服務(wù)器是6個(gè)節(jié)點(diǎn)，一個(gè)節(jié)點(diǎn)包含12個(gè)核，也就是12個(gè)cpu。如果N=2，M=12，那么總共有2x12=24個(gè)cpu參與計(jì)算 一般情況下是要充分利用每個(gè)節(jié)點(diǎn)的，你可以pbsnodes | more看下每個(gè)節(jié)點(diǎn)。例如你所提到的cc02就是一個(gè)節(jié)點(diǎn)，而cc02/0，cc02/1，cc02/2……數(shù)下就知道每個(gè)節(jié)點(diǎn)的核心數(shù)了，盡量將M設(shè)置為最大核心數(shù) |
4樓2013-10-05 18:45:40
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