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ADF在linux下安裝的并行設(shè)置
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一般的設(shè)置都不會出問題，也不會提示出錯，但是發(fā)現(xiàn)了ADF運行的一個奇怪的地方： 在任務(wù)剛開始運行的時候是一個核在計算的，然后在特定的階段才會使用設(shè)定NSCM的核數(shù)進行算。 以前在一個集群里面有這個問題，就使用自帶的ADF的mpi，問題就解決了。從一開始就是按照設(shè)定的NSCM計算的，速度有了明顯的提升，mpi部分設(shè)置是這樣的： export PATH=$PATH:/home/zhou/soft/adf/adf2010.02/bin/platform_mpi/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/zhou/soft/adf/adf2010.02/bin/platform_mpi/lib/linux_amd64 export MPIRUN_OPTIONS=-TCP 其他設(shè)置見2樓 這個服務(wù)器是suse系統(tǒng)的 后來買了個新的集群，安裝的都是CentOS。因為知道adf這個問題，所以最開始在提交任務(wù)的腳本中就設(shè)置使用a自帶的mpi，也沒什么問題。 但是最近由于使用vasp等軟件，把環(huán)境變量改動了一部分，分別換了openmpi和intelmpi。后來又用到adf，就又把環(huán)境變量換回來了，但是問題就出現(xiàn)了！每個任務(wù)一開始很長時間都只有一個adf進程在算，運行一段時間后，才使用設(shè)定的核數(shù)計算。計算任務(wù)也可以正常算完，但是計算慢了很多。 我把環(huán)境變量中PATH和LD_LIBRARY_PATH都清空，然后重新設(shè)置。但是問題還是沒有解決。特向大家求助！希望用過adf的同志們幫幫忙！謝謝！ 也歡迎交流，參與討論就有BB，解決問題的答案還有更多額外的獎勵。 [ Last edited by 賀儀 on 2012-6-24 at 21:18 ] |
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export ADFHOME=/home/zhou/soft/adf/adf2010.02 #export ADFHOME=/home/zhou/soft/adf/2007/adf2007.01 export PATH=$PATH:$ADFHOME/bin export ADFBIN=$ADFHOME/bin export ADFRESOURCES=$ADFHOME/atomicdata export SCMLICENSE=$ADFHOME/license.txt export SCM_TMPDIR=/tmp export SCM_RESULTDIR=$ADFHOME/result export NSCM=12 |
2樓2012-06-24 20:49:48
wntc
木蟲 (正式寫手)
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gmy1990: 金幣+2 2012-06-25 11:20:22
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需要設(shè)置這么多么，我這似乎souce一下adfrc.sh就好了 My jobs 144803 are running on node71 PID TTY TIME CMD 27938 ? 00:00:00 bash 27966 ? 00:00:00 bash 27972 ? 00:00:00 job1.run 27973 ? 00:00:00 adf 27987 ? 00:00:00 runscript 28012 ? 00:00:00 start 28018 ? 00:00:00 mpirun.mpich 28021 ? 00:00:00 mpid 28135 ? 00:19:37 adf.exe 28136 ? 00:19:37 adf.exe 28137 ? 00:19:37 adf.exe 28138 ? 00:19:37 adf.exe 28139 ? 00:19:36 adf.exe 28140 ? 00:19:37 adf.exe 28141 ? 00:19:38 adf.exe 28142 ? 00:19:36 adf.exe 29642 ? 00:00:00 ps My jobs 144804 are running on node72 PID TTY TIME CMD 19894 ? 00:00:00 bash 19922 ? 00:00:00 bash 19928 ? 00:00:00 job2.run 19929 ? 00:00:00 adf 19943 ? 00:00:00 runscript 19968 ? 00:00:00 start 19974 ? 00:00:00 mpirun.mpich 19977 ? 00:00:00 mpid 20091 ? 00:19:38 adf.exe 20092 ? 00:19:37 adf.exe 20093 ? 00:19:38 adf.exe 20094 ? 00:19:38 adf.exe 20095 ? 00:19:38 adf.exe 20096 ? 00:19:38 adf.exe 20097 ? 00:19:37 adf.exe 20098 ? 00:19:36 adf.exe 21598 ? 00:00:00 ps |
3樓2012-06-24 22:04:44
4樓2012-06-24 22:14:12
wntc
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