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賀儀鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
ADF在linux下安裝的并行設(shè)置
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一般的設(shè)置都不會(huì)出問(wèn)題，也不會(huì)提示出錯(cuò)，但是發(fā)現(xiàn)了ADF運(yùn)行的一個(gè)奇怪的地方： 在任務(wù)剛開(kāi)始運(yùn)行的時(shí)候是一個(gè)核在計(jì)算的，然后在特定的階段才會(huì)使用設(shè)定NSCM的核數(shù)進(jìn)行算。 以前在一個(gè)集群里面有這個(gè)問(wèn)題，就使用自帶的ADF的mpi，問(wèn)題就解決了。從一開(kāi)始就是按照設(shè)定的NSCM計(jì)算的，速度有了明顯的提升，mpi部分設(shè)置是這樣的： export PATH=$PATH:/home/zhou/soft/adf/adf2010.02/bin/platform_mpi/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/zhou/soft/adf/adf2010.02/bin/platform_mpi/lib/linux_amd64 export MPIRUN_OPTIONS=-TCP 其他設(shè)置見(jiàn)2樓 這個(gè)服務(wù)器是suse系統(tǒng)的 后來(lái)買(mǎi)了個(gè)新的集群，安裝的都是CentOS。因?yàn)橹繿df這個(gè)問(wèn)題，所以最開(kāi)始在提交任務(wù)的腳本中就設(shè)置使用a自帶的mpi，也沒(méi)什么問(wèn)題。 但是最近由于使用vasp等軟件，把環(huán)境變量改動(dòng)了一部分，分別換了openmpi和intelmpi。后來(lái)又用到adf，就又把環(huán)境變量換回來(lái)了，但是問(wèn)題就出現(xiàn)了！每個(gè)任務(wù)一開(kāi)始很長(zhǎng)時(shí)間都只有一個(gè)adf進(jìn)程在算，運(yùn)行一段時(shí)間后，才使用設(shè)定的核數(shù)計(jì)算。計(jì)算任務(wù)也可以正常算完，但是計(jì)算慢了很多。 我把環(huán)境變量中PATH和LD_LIBRARY_PATH都清空，然后重新設(shè)置。但是問(wèn)題還是沒(méi)有解決。特向大家求助！希望用過(guò)adf的同志們幫幫忙！謝謝！ 也歡迎交流，參與討論就有BB，解決問(wèn)題的答案還有更多額外的獎(jiǎng)勵(lì)。 [ Last edited by 賀儀 on 2012-6-24 at 21:18 ] |
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賀儀
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9樓2012-06-27 21:54:54
賀儀
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|
export ADFHOME=/home/zhou/soft/adf/adf2010.02 #export ADFHOME=/home/zhou/soft/adf/2007/adf2007.01 export PATH=$PATH:$ADFHOME/bin export ADFBIN=$ADFHOME/bin export ADFRESOURCES=$ADFHOME/atomicdata export SCMLICENSE=$ADFHOME/license.txt export SCM_TMPDIR=/tmp export SCM_RESULTDIR=$ADFHOME/result export NSCM=12 |
2樓2012-06-24 20:49:48
wntc
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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需要設(shè)置這么多么，我這似乎souce一下adfrc.sh就好了 My jobs 144803 are running on node71 PID TTY TIME CMD 27938 ? 00:00:00 bash 27966 ? 00:00:00 bash 27972 ? 00:00:00 job1.run 27973 ? 00:00:00 adf 27987 ? 00:00:00 runscript 28012 ? 00:00:00 start 28018 ? 00:00:00 mpirun.mpich 28021 ? 00:00:00 mpid 28135 ? 00:19:37 adf.exe 28136 ? 00:19:37 adf.exe 28137 ? 00:19:37 adf.exe 28138 ? 00:19:37 adf.exe 28139 ? 00:19:36 adf.exe 28140 ? 00:19:37 adf.exe 28141 ? 00:19:38 adf.exe 28142 ? 00:19:36 adf.exe 29642 ? 00:00:00 ps My jobs 144804 are running on node72 PID TTY TIME CMD 19894 ? 00:00:00 bash 19922 ? 00:00:00 bash 19928 ? 00:00:00 job2.run 19929 ? 00:00:00 adf 19943 ? 00:00:00 runscript 19968 ? 00:00:00 start 19974 ? 00:00:00 mpirun.mpich 19977 ? 00:00:00 mpid 20091 ? 00:19:38 adf.exe 20092 ? 00:19:37 adf.exe 20093 ? 00:19:38 adf.exe 20094 ? 00:19:38 adf.exe 20095 ? 00:19:38 adf.exe 20096 ? 00:19:38 adf.exe 20097 ? 00:19:37 adf.exe 20098 ? 00:19:36 adf.exe 21598 ? 00:00:00 ps |
3樓2012-06-24 22:04:44
賀儀
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4樓2012-06-24 22:14:12
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