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風(fēng)吹葉123金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
【求助】關(guān)于LAMMPS建模
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各位版主、大神： 你們好。我想問(wèn)幾個(gè)關(guān)于LAMMPS建模的基本問(wèn)題。我知道可能有點(diǎn)簡(jiǎn)單，但我真的是認(rèn)真查看過(guò)Manual中相關(guān)的命令說(shuō)明之后，仍有一些疑問(wèn)。我自己想了很久，也問(wèn)過(guò)很多人，但是還是沒(méi)有解決。 命令來(lái)自一個(gè)很基礎(chǔ)的LAMMPS例子，該例子的全部命令如下： # Find minimum energy fcc configuration # Mark Tschopp, 2010 # ---------- Initialize Simulation --------------------- clear units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic atom_modify map array # ---------- Create Atoms --------------------- lattice fcc 4 region box block 0 1 0 1 0 1 units lattice create_box 1 box lattice fcc 4 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 create_atoms 1 box replicate 1 1 1 # ---------- Define Interatomic Potential --------------------- pair_style eam/alloy pair_coeff * * Al99.eam.alloy Al neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 10 check yes # ---------- Define Settings --------------------- compute eng all pe/atom compute eatoms all reduce sum c_eng # ---------- Run Minimization --------------------- reset_timestep 0 fix 1 all box/relax iso 0.0 vmax 0.001 thermo 10 thermo_style custom step pe lx ly lz press pxx pyy pzz c_eatoms min_style cg minimize 1e-25 1e-25 5000 10000 variable natoms equal "count(all)" variable teng equal "c_eatoms" variable length equal "lx" variable ecoh equal "v_teng/v_natoms" print "Total energy (eV) = ${teng};" print "Number of atoms = ${natoms};" print "Lattice constant (Angstoms) = ${length};" print "Cohesive energy (eV) = ${ecoh};" print "All done!" 我的問(wèn)題是： （1）lattice fcc 4 和 lattice fcc 4 orient x 100 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1這兩句有什么區(qū)別？效果不是一樣的么？為什么在lattice fcc 4建立格子之后，還要有l(wèi)attice fcc 4 orient x 100 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1這句？意義何在？ （2）replicate 1 1 1這句不相當(dāng)于沒(méi)有復(fù)制么？為什么要寫(xiě)這條命令呢？意義何在？ （3）如果我只想建模，不進(jìn)行任何計(jì)算，然后想在LAMMPS中導(dǎo)出該模型，最后在VMD中查看該模型。那么在整個(gè)代碼的最后一行需要添加一個(gè)怎樣的dump語(yǔ)句？（我查過(guò)手冊(cè)中的dump語(yǔ)句，也試過(guò)很多次自己寫(xiě)，但是都不對(duì)。） 跪求各路大神幫助。小弟在此謝過(guò)！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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對(duì)于問(wèn)題1：好好看看手冊(cè)，說(shuō)的蠻詳細(xì)。The other 3 arguments are the crystallographic direction in the lattice that you want to orient along that axis, specified as integers. E.g. "orient x 2 1 0" means the x-axis in the simulation box will be the [210] lattice direction. 兩條命令有差別； 對(duì)于問(wèn)題2：我覺(jué)得可以去掉； 對(duì)于問(wèn)題3：dump 1 all atom 1 dump.lammpstrj 就可以了，其中的1不可以和其他的dump重復(fù)；1000為每多少步輸出一次，可以自己設(shè)定，看手冊(cè)就知道啥意思了。關(guān)鍵在于文件名后綴為lammpstrj。 PS：我沒(méi)仔細(xì)看你的程序，只是針對(duì)你的問(wèn)題。你可以試下！ |
3樓2013-10-16 17:31:04
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4樓2013-10-27 09:20:31
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