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過(guò)渡態(tài)初始構(gòu)型
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| 怎樣又快又好的構(gòu)建過(guò)渡態(tài)的初始構(gòu)型進(jìn)行過(guò)渡態(tài)優(yōu)化？是部分優(yōu)化還是根據(jù)反應(yīng)物或者產(chǎn)物構(gòu)型進(jìn)行設(shè)定？ |
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lyjoy
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fegg7502: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2013-11-02 10:45:51
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| 準(zhǔn)確構(gòu)建過(guò)渡態(tài)的初始構(gòu)型需要經(jīng)驗(yàn)，比如做多了，就知道一般C-C ,C-N,C-O等常規(guī)化學(xué)鍵在過(guò)渡態(tài)中的長(zhǎng)度是多少埃，部分優(yōu)化的時(shí)候直接給到這個(gè)數(shù)據(jù)。也可以先用低級(jí)方法做部分優(yōu)化，構(gòu)型比較合理后再升級(jí)到自己最終想要用的方法固定優(yōu)化一次后放開優(yōu)化，對(duì)于單鍵的成鍵和斷鍵反應(yīng)，一般要讓固定的那個(gè)參數(shù)對(duì)應(yīng)的力常數(shù)值在0~-0.02之內(nèi)才比較容易做出來(lái)。個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，僅供參考：） |
2樓2013-11-01 09:23:11
3樓2013-11-01 19:48:33
lyjoy
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比如H2O的坐標(biāo)參數(shù)： O H 1 B1 H 1 B2 2 A1 B1 1.0 B2 1.0 A1 109.0 你要做對(duì)應(yīng)其中一個(gè)OH （B1）斷開的過(guò)渡態(tài)（其實(shí)這個(gè)可能沒有過(guò)渡態(tài)，僅只是個(gè)例子），那么固定優(yōu)化的時(shí)候，就是固定B1，優(yōu)化B2和A1，格式： O H 1 B1 H 1 B2 2 A1 B2 1.0 A1 109.0 B1 1.0 固定優(yōu)化結(jié)束后，放開優(yōu)化時(shí)在主反應(yīng)坐標(biāo)B1后面空格加“3”，格式： O H 1 B1 H 1 B2 2 A1 B1 1.0 3 B2 1.0 A1 109.0 當(dāng)然優(yōu)化的命名部分要使用做TS的命令，如opt=（ts,calcfc) |
4樓2013-11-03 14:06:09
lyjoy
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