版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號(hào)能夠正常使用，請(qǐng)盡快對(duì)帳號(hào)進(jìn)行手機(jī)號(hào)驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門版塊排行榜

返回列表

zx2456

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 19 (小學(xué)生)
金幣: 4635
帖子: 352
在線: 276.8小時(shí)
蟲號(hào): 1655879

[交流] 分子模擬的關(guān)于勢(shì)函數(shù)以及初始構(gòu)型的幾個(gè)小問題

1）我說的是經(jīng)典分子動(dòng)力學(xué)的模擬，本人采用的ME軟件，想請(qǐng)教下比如我建模SiO2時(shí)，我用晶體結(jié)構(gòu)或者隨機(jī)加入Si和O離子肯定初始構(gòu)型就不同了，然后我用同樣的勢(shì)函數(shù)以及相同的環(huán)境條件，也就是只有初始構(gòu)型不同。而最后得到的結(jié)構(gòu)卻是差距很大，晶體的那個(gè)最后仍是基本保持；隨機(jī)加入的那個(gè)則只是近程有序（一般非晶模擬采用此法）。如何理解這樣的區(qū)別呢？請(qǐng)大家說說
2）MSD可求擴(kuò)散系數(shù)，我做的MSD往往是后面平衡部分斜率基本為0，這代表什么意思，我溫度設(shè)置是先高溫后降溫后保持恒溫。

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了已經(jīng)有3人回復(fù)
085600材料與化工求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
材料與化工求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
277調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
290求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
材料工程專碩調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
26考研求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
求調(diào)劑，總分315，考的生物醫(yī)藥，一志愿湖南師范大學(xué)。調(diào)劑到任何專業(yè)都可以已經(jīng)有5人回復(fù)
311求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
303求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

Coarse-grain構(gòu)型搭建已經(jīng)有10人回復(fù)
關(guān)于聚四氟乙烯（PTFE）相關(guān)勢(shì)函數(shù)求助已經(jīng)有9人回復(fù)
用lammps做模擬時(shí)如將新修改的勢(shì)函數(shù)讓lammps讀取運(yùn)行已經(jīng)有9人回復(fù)
SiO2晶體的分子模擬已經(jīng)有12人回復(fù)
哪位大神能幫忙把這個(gè)分子的兩個(gè)構(gòu)型模擬出空間結(jié)構(gòu)！！已經(jīng)有3人回復(fù)
求Fe-He勢(shì)函數(shù) 已經(jīng)有8人回復(fù)
如何擬合EAM勢(shì)函數(shù)？（只要大體流程就行）已經(jīng)有4人回復(fù)
請(qǐng)幫忙看一下lammps中是否有這個(gè)勢(shì)函數(shù)？已經(jīng)有3人回復(fù)
經(jīng)典分子動(dòng)力學(xué)力場(chǎng)、勢(shì)函數(shù) 已經(jīng)有9人回復(fù)
關(guān)于勢(shì)函數(shù)選取的問題。。。已經(jīng)有9人回復(fù)
lammps勢(shì)函數(shù)小疑問已經(jīng)有5人回復(fù)
勢(shì)函數(shù)截?cái)嗑嚯x如何��？已經(jīng)有11人回復(fù)
如何在lammps里加入新的勢(shì)函數(shù)形式？已經(jīng)有6人回復(fù)
分子動(dòng)力學(xué)勢(shì)函數(shù) 已經(jīng)有6人回復(fù)
國(guó)內(nèi)有開發(fā)分子動(dòng)力學(xué)勢(shì)函數(shù)的課題組嗎？已經(jīng)有12人回復(fù)
關(guān)于勢(shì)函數(shù)的求助已經(jīng)有23人回復(fù)
擬和Cu-Al勢(shì)函數(shù) 已經(jīng)有6人回復(fù)

» 搶金幣啦！回帖就可以得到:

查看全部散金貼

1樓 2012-11-09 19:26:25

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

huai

木蟲 (職業(yè)作家)

應(yīng)助: 4 (幼兒園)
金幣: 709.7
帖子: 4271
在線: 548.9小時(shí)
蟲號(hào): 420388

★ ★ ★ ★ ★ ★
zx2456(金幣+1): 謝謝參與
jiaoyixiong: 金幣+5, 鼓勵(lì)交流 2012-11-11 22:19:42

1.初始構(gòu)型應(yīng)該離你想研究的狀態(tài)不遠(yuǎn)才對(duì)。離的太遠(yuǎn)了，在有限的模擬時(shí)間內(nèi)，看不到最后的平衡態(tài)。
2.斜率為零，說明沒有擴(kuò)散。如果是一塊完整的晶體，模擬的溫度又遠(yuǎn)低于熔點(diǎn)。那么模擬過程看到是原子的熱振動(dòng)。此時(shí)，MSD的斜率是零。

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2012-11-11 17:16:35

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

jiaoyixiong

榮譽(yù)版主 (職業(yè)作家)

模擬EPI: 6
應(yīng)助: 487 (碩士)
貴賓: 0.501
金幣: 14945
帖子: 3750
在線: 1129.1小時(shí)
蟲號(hào): 1108016

★ ★
zx2456(金幣+1): 謝謝參與
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-11-12 13:12:47

贊一樓

補(bǔ)充一樓的第一條，在MS 和VMD 中都有SiO2 的晶體模型，你直接從其中的單體建模得到你合適體系的模型，應(yīng)該就“離你想研究的狀態(tài)不遠(yuǎn)”

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2012-11-11 22:21:31

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zx2456

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 19 (小學(xué)生)
金幣: 4635
帖子: 352
在線: 276.8小時(shí)
蟲號(hào): 1655879

我的意思不是想研究晶體的，我知道那里可以建模而且也基本接近完美結(jié)構(gòu)，我的意思主要是按照晶體建模后給一個(gè)勢(shì)函數(shù)或者力場(chǎng)最后平衡后確實(shí)基本結(jié)構(gòu)還是大致是原來(lái)的晶體，可能優(yōu)化了一下。但是如果我采用隨機(jī)加入離子，就是不按照晶體坐標(biāo)加進(jìn)去，那么還是同樣的勢(shì)函數(shù)最后得到的就是非晶的結(jié)構(gòu)。也就是說其他條件都一樣的情況下只有初始加入的坐標(biāo)不同，得到的平衡結(jié)構(gòu)差異很大。

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2012-11-12 11:15:46

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zx2456

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 19 (小學(xué)生)
金幣: 4635
帖子: 352
在線: 276.8小時(shí)
蟲號(hào): 1655879

我是研究高溫熔鹽的，主要方法還是隨機(jī)加入而不是按晶體結(jié)構(gòu)加入。因?yàn)楦邷貢r(shí)本來(lái)就是遠(yuǎn)程無(wú)序的。我現(xiàn)在就是在想為什么2種不同的初始構(gòu)型但同樣的勢(shì)函數(shù)和溫度等條件最后得到差異很大的平衡構(gòu)型。你們認(rèn)為決定一個(gè)機(jī)構(gòu)最后平衡結(jié)構(gòu)的有哪些因素呢？

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2012-11-12 11:18:31

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zx2456

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 19 (小學(xué)生)
金幣: 4635
帖子: 352
在線: 276.8小時(shí)
蟲號(hào): 1655879

引用回帖:

2樓: Originally posted by huai at 2012-11-11 17:16:35
1.初始構(gòu)型應(yīng)該離你想研究的狀態(tài)不遠(yuǎn)才對(duì)。離的太遠(yuǎn)了，在有限的模擬時(shí)間內(nèi)，看不到最后的平衡態(tài)。
2.斜率為零，說明沒有擴(kuò)散。如果是一塊完整的晶體，模擬的溫度又遠(yuǎn)低于熔點(diǎn)。那么模擬過程看到是原子的熱振動(dòng)。此 ...

主要研究不是晶體的結(jié)構(gòu)性質(zhì)而是非晶

贊一下

回復(fù)此樓

6樓2012-11-12 11:19:17

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

chaizhm

木蟲 (著名寫手)

模擬EPI: 2
應(yīng)助: 123 (高中生)
貴賓: 0.25
金幣: 4777.4
帖子: 1440
在線: 267.2小時(shí)
蟲號(hào): 1253209

★
zx2456(金幣+1): 謝謝參與

是這個(gè)樣子的分子模擬的算法是非線性方程的初值問題，因?yàn)槭欠蔷€性問題，所以結(jié)果就會(huì)有很多個(gè)。如果給定一個(gè)初始結(jié)構(gòu)，它會(huì)搜索這個(gè)結(jié)構(gòu)附近的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)，不會(huì)找到全局最優(yōu)才停止，所以最后結(jié)果跟初始差別不大

但也不完全是這樣，跟勢(shì)場(chǎng)有一定關(guān)系，我當(dāng)年做的氧化鋁的模擬，初始是給的晶體，但是弛豫一段時(shí)間后就非晶化了

贊一下

回復(fù)此樓

7樓2012-11-12 13:16:55

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

huai

木蟲 (職業(yè)作家)

應(yīng)助: 4 (幼兒園)
金幣: 709.7
帖子: 4271
在線: 548.9小時(shí)
蟲號(hào): 420388

★
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-11-12 21:57:22

非晶體或玻璃它本身就含有許多亞穩(wěn)態(tài)，這些態(tài)能量相當(dāng)，也是處于平衡態(tài)（受力為零），但是結(jié)構(gòu)不一樣，這是正常的。樓主所說的結(jié)構(gòu)不同，是通過肉眼觀察嗎？可以采用徑向分布函數(shù)之類的來(lái)看一下，兩個(gè)結(jié)構(gòu)之間到底有那些差別。

贊一下

回復(fù)此樓

8樓2012-11-12 14:00:12

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zx2456

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 19 (小學(xué)生)
金幣: 4635
帖子: 352
在線: 276.8小時(shí)
蟲號(hào): 1655879

引用回帖:

8樓: Originally posted by huai at 2012-11-12 14:00:12
非晶體或玻璃它本身就含有許多亞穩(wěn)態(tài)，這些態(tài)能量相當(dāng)，也是處于平衡態(tài)（受力為零），但是結(jié)構(gòu)不一樣，這是正常的。樓主所說的結(jié)構(gòu)不同，是通過肉眼觀察嗎？可以采用徑向分布函數(shù)之類的來(lái)看一下，兩個(gè)結(jié)構(gòu)之間到底有 ...

是看徑向分布的，差距很大，就是說初始構(gòu)型影響很大，用量子化學(xué)的觀點(diǎn)來(lái)解釋我認(rèn)為就是不同的構(gòu)型優(yōu)化時(shí)有很多過渡態(tài)。我用的是經(jīng)典分子模擬，感覺也一樣適用這個(gè)規(guī)則。對(duì)于非晶模擬都是隨機(jī)加粒子的，這樣才能得到可信的結(jié)果。假如按照晶體結(jié)構(gòu)加入，最后平衡時(shí)基本還是原來(lái)的樣子，基本保持晶體結(jié)構(gòu)，感覺就像量子化學(xué)上優(yōu)化結(jié)構(gòu)似的。

贊一下

回復(fù)此樓

9樓2012-11-12 18:30:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zx2456

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 19 (小學(xué)生)
金幣: 4635
帖子: 352
在線: 276.8小時(shí)
蟲號(hào): 1655879

引用回帖:

7樓: Originally posted by chaizhm at 2012-11-12 13:16:55
是這個(gè)樣子的分子模擬的算法是非線性方程的初值問題，因?yàn)槭欠蔷€性問題，所以結(jié)果就會(huì)有很多個(gè)。如果給定一個(gè)初始結(jié)構(gòu)，它會(huì)搜索這個(gè)結(jié)構(gòu)附近的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)，不會(huì)找到全局最優(yōu)才停止，所以最后結(jié)果跟初始差別不大

...

正解��！呵呵，但是你的初始結(jié)構(gòu)按晶體輸入最后得到和原來(lái)差距很大的非晶了？你做的高溫的？不知道你試過隨機(jī)加入沒？

贊一下

回復(fù)此樓

10樓2012-11-12 18:34:17

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

sunep07

禁蟲 (小有名氣)

★
zx2456(金幣+1): 謝謝參與

本帖內(nèi)容被屏蔽

11樓2015-06-13 19:50:04

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

michal_li

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 2269.9
帖子: 278
在線: 118.4小時(shí)
蟲號(hào): 2081652

★
zx2456(金幣+1): 謝謝參與

引用回帖:

11樓: Originally posted by sunep07 at 2015-06-13 19:50:04
樓主，還出沒小木蟲嗎，我最近在模擬玻璃，但是我升溫再降溫之后還是得不到短程有序，實(shí)在調(diào)不出來(lái)，請(qǐng)樓主指導(dǎo)。首先是用npt之后體積回不到原來(lái)預(yù)設(shè)的值上，二是若改npt為nvt，還是沒有短程有序。
variable ...

我是剛開始研究玻璃，想用分子動(dòng)力學(xué)模擬來(lái)做，不知道你用的什么程序，勢(shì)參數(shù)怎么選取的，初始結(jié)構(gòu)是晶體還是單一離子形式？現(xiàn)在一頭霧水啊，非常感謝！

贊一下

回復(fù)此樓

12樓2015-12-12 20:44:24

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

wjj318

金蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 4 (幼兒園)
金幣: 1253.2
帖子: 79
在線: 47.9小時(shí)
蟲號(hào): 2060460

★
zx2456(金幣+1): 謝謝參與

引用回帖:

4樓: Originally posted by zx2456 at 2012-11-12 11:15:46
我的意思不是想研究晶體的，我知道那里可以建模而且也基本接近完美結(jié)構(gòu)，我的意思主要是按照晶體建模后給一個(gè)勢(shì)函數(shù)或者力場(chǎng)最后平衡后確實(shí)基本結(jié)構(gòu)還是大致是原來(lái)的晶體，可能優(yōu)化了一下。但是如果我采用隨機(jī)加入離 ...

你好，你是做高溫熔體的結(jié)構(gòu)的嗎？咱倆好像課題有點(diǎn)兒相似

發(fā)自小木蟲IOS客戶端

贊一下

回復(fù)此樓

13樓2015-12-12 21:18:44

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

michal_li

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 2269.9
帖子: 278
在線: 118.4小時(shí)
蟲號(hào): 2081652

想問下樓主使用什么軟件在做，勢(shì)參數(shù)怎么選取的，初始構(gòu)型是單一離子還是晶體結(jié)構(gòu)？小白很苦惱，望回復(fù)�。「屑�

贊一下

回復(fù)此樓

14樓2015-12-14 10:19:57

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

michal_li

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 2269.9
帖子: 278
在線: 118.4小時(shí)
蟲號(hào): 2081652

引用回帖:

想問下樓主使用什么軟件在做，勢(shì)參數(shù)怎么選取的，初始構(gòu)型是單一離子還是晶體結(jié)構(gòu)？小白很苦惱，望回復(fù)啊！感激

贊一下

回復(fù)此樓

15樓2015-12-25 12:35:20

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

sunep07

禁蟲 (小有名氣)

本帖內(nèi)容被屏蔽

16樓2015-12-25 12:55:06

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 zx2456 的主題更新

返回列表

普通表情龍兔虎貓高級(jí)回復(fù) (可上傳附件)

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考博] 26申博 +4	八旬速覽 2026-03-16	4/200	2026-03-17 13:00 by 輕松不少隨
[考研] 本人考085602 化學(xué)工程專碩 +15	不知道叫什么！ 2026-03-15	17/850	2026-03-17 10:13 by Sammy2
[考研] 267一志愿南京工業(yè)大學(xué)0817化工求調(diào)劑 +6	SUICHILD 2026-03-12	6/300	2026-03-17 09:24 by 霧散后相遇lc
[考研] 274求調(diào)劑 +5	時(shí)間點(diǎn) 2026-03-13	5/250	2026-03-17 07:34 by 熱情沙漠
[考研] 328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +3	生物工程調(diào)劑 2026-03-16	4/200	2026-03-16 20:13 by Wangjingyue
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調(diào)劑 +3	努力奮斗112 2026-03-15	3/150	2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +6	妮妮ninicgb 2026-03-15	9/450	2026-03-16 16:40 by houyaoxu
[考研] 材料與化工一志愿南昌大學(xué)327求調(diào)劑推薦 +7	Ncdx123456 2026-03-13	8/400	2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 0856求調(diào)劑 +3	劉夢(mèng)微 2026-03-15	3/150	2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3	呼呼？~+123456 2026-03-14	3/150	2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 308 085701 四六級(jí)已過求調(diào)劑 +7	溫喬喬喬喬 2026-03-12	14/700	2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 341求調(diào)劑 +3	番茄頭--- 2026-03-10	3/150	2026-03-13 23:07 by JourneyLucky
[考研] 材料專碩288分求調(diào)劑一志愿211 +4	在家想你 2026-03-11	4/200	2026-03-13 22:49 by JourneyLucky
[考研] 332求調(diào)劑 +3	zjy101327 2026-03-11	6/300	2026-03-13 22:48 by JourneyLucky
[考研] 材料與化工求調(diào)劑一志愿 985 總分 295 +8	dream…… 2026-03-12	8/400	2026-03-13 22:17 by 星空星月
[碩博家園] 085600 260分求調(diào)劑 +3	天空還下雨么 2026-03-13	5/250	2026-03-13 18:46 by 天空還下雨么
[考研] 290求調(diào)劑 +7	ADT 2026-03-12	7/350	2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 328化工專碩求調(diào)劑 +4	。，。，。，。i 2026-03-12	4/200	2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 296求調(diào)劑 +3	大口吃飯身體健 2026-03-13	3/150	2026-03-13 10:31 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 270求調(diào)劑 085600材料與化工專碩 +3	YXCT 2026-03-11	3/150	2026-03-13 10:13 by houyaoxu

24小時(shí)熱門版塊排行榜

[交流] 分子模擬的關(guān)于勢(shì)函數(shù)以及初始構(gòu)型的幾個(gè)小問題

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

» 搶金幣啦！回帖就可以得到: 查看全部散金貼

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

» 搶金幣啦！回帖就可以得到:

查看全部散金貼