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木蟲 (正式寫手)

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[交流] 分子模擬的關(guān)于勢函數(shù)以及初始構(gòu)型的幾個小問題

1）我說的是經(jīng)典分子動力學(xué)的模擬，本人采用的ME軟件，想請教下比如我建模SiO2時，我用晶體結(jié)構(gòu)或者隨機(jī)加入Si和O離子肯定初始構(gòu)型就不同了，然后我用同樣的勢函數(shù)以及相同的環(huán)境條件，也就是只有初始構(gòu)型不同。而最后得到的結(jié)構(gòu)卻是差距很大，晶體的那個最后仍是基本保持；隨機(jī)加入的那個則只是近程有序（一般非晶模擬采用此法）。如何理解這樣的區(qū)別呢？請大家說說
2）MSD可求擴(kuò)散系數(shù)，我做的MSD往往是后面平衡部分斜率基本為0，這代表什么意思，我溫度設(shè)置是先高溫后降溫后保持恒溫。

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1樓 2012-11-09 19:26:25

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zx2456

木蟲 (正式寫手)

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我的意思不是想研究晶體的，我知道那里可以建模而且也基本接近完美結(jié)構(gòu)，我的意思主要是按照晶體建模后給一個勢函數(shù)或者力場最后平衡后確實(shí)基本結(jié)構(gòu)還是大致是原來的晶體，可能優(yōu)化了一下。但是如果我采用隨機(jī)加入離子，就是不按照晶體坐標(biāo)加進(jìn)去，那么還是同樣的勢函數(shù)最后得到的就是非晶的結(jié)構(gòu)。也就是說其他條件都一樣的情況下只有初始加入的坐標(biāo)不同，得到的平衡結(jié)構(gòu)差異很大。

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4樓2012-11-12 11:15:46

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huai

木蟲 (職業(yè)作家)

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★ ★ ★ ★ ★ ★
zx2456(金幣+1): 謝謝參與
jiaoyixiong: 金幣+5, 鼓勵交流 2012-11-11 22:19:42

1.初始構(gòu)型應(yīng)該離你想研究的狀態(tài)不遠(yuǎn)才對。離的太遠(yuǎn)了，在有限的模擬時間內(nèi)，看不到最后的平衡態(tài)。
2.斜率為零，說明沒有擴(kuò)散。如果是一塊完整的晶體，模擬的溫度又遠(yuǎn)低于熔點(diǎn)。那么模擬過程看到是原子的熱振動。此時，MSD的斜率是零。

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2樓2012-11-11 17:16:35

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jiaoyixiong

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★ ★
zx2456(金幣+1): 謝謝參與
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-11-12 13:12:47

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補(bǔ)充一樓的第一條，在MS 和VMD 中都有SiO2 的晶體模型，你直接從其中的單體建模得到你合適體系的模型，應(yīng)該就“離你想研究的狀態(tài)不遠(yuǎn)”

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3樓2012-11-11 22:21:31

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zx2456

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我是研究高溫熔鹽的，主要方法還是隨機(jī)加入而不是按晶體結(jié)構(gòu)加入。因?yàn)楦邷貢r本來就是遠(yuǎn)程無序的。我現(xiàn)在就是在想為什么2種不同的初始構(gòu)型但同樣的勢函數(shù)和溫度等條件最后得到差異很大的平衡構(gòu)型。你們認(rèn)為決定一個機(jī)構(gòu)最后平衡結(jié)構(gòu)的有哪些因素呢？

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5樓2012-11-12 11:18:31

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