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superrice

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[求助] Dalton2011編譯問題請教專家

首先我參考了小木蟲的兩個帖子
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3806483&fpage=1
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3808279&fpage=1
按照帖子裝了最新的gcc4.8.2，以及ATLAS with full palack，以及64位的openmpi，最后還是遇到問題，計(jì)算機(jī)知識實(shí)在有限，特來請教各位專家
錯誤信息
gfortran: 錯誤：unrecognized command line option ‘-module’
gfortran: 錯誤：unrecognized command line option ‘-fast’
gfortran: 錯誤：unrecognized command line option ‘-Munroll’
make[1]: *** [dalton.o] 錯誤 1
make[1]: Leaving directory `/home/guga/Dalton2011_release/DALTON/abacus'
make: *** [MAIN_OBJ] 錯誤 2

我的Makefile.config:
= linux
#
#
CPPFLAGS    = -DVAR_PGF90 -DSYS_LINUX -DVAR_MFDS -D'INSTALL_WRKMEM=524000000' -D'INSTALL_MMWORK=131000000' -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DVAR_MPI -DIMPLICIT_NONE -DHAVE_NO_LSEEK64
F90          = mpif90
CC          = mpicc
LOADER       = mpif90
RM          = rm -f
FFLAGS       = -mcmodel=medium -fast -Munroll
SAFEFFLAGS = -mcmodel=medium -Mframe
CFLAGS       = -fast -Munroll -Mvect=idiom -c9x -DRESTRICT=restrict
INCLUDES    = -I../include
MODULES    = -module ../modules
LIBS       = -L/home/guga/mathlib/ATLAS/Temp/lib -llapack -llapack -lf77blas -latlas
INSTALLDIR = /home/guga/Dalton2011_release/bin
PDPACK_EXTRAS = linpack.o eispack.o gp_zlapack.o gp_dlapack.o
GP_EXTRAS    =
AR          = ar
ARFLAGS    = rvs
# flags for ftnchek on Dalton /hjaaj
CHEKFLAGS  = -nopure -nopretty -nocommon -nousage -noarray -notruncation -quiet  -noargumants -arguments=number  -usage=var-unitialized
# -usage=var-unitialized:arg-const-modified:arg-alias
# -usage=var-unitialized:var-set-unused:arg-unused:arg-const-modified:arg-alias
#
default : dalton linuxparallel.x
SAFE_FFLAGS_for_ifort = $(FFLAGS)
#
# Parallel initialization
#
MPI_INCLUDE_DIR =
MPI_LIB_PATH =
MPI_LIB       =
#
#
# Suffix rules
# hjaaj Oct 04: .g is a "cheat" suffix, for debugging.
#             'make x.g' will create x.o from x.F or x.c with -g debug flag set.
#
.SUFFIXES : .F .F90 .c .o .i .g .s

.F.o:
$(F90) $(INCLUDES) $(MODULES) $(CPPFLAGS) $(FFLAGS) -c $*.F

.F.i:
$(F90) $(INCLUDES) $(MODULES) $(CPPFLAGS) -E $*.F > $*.i

.F.g:
$(F90) $(INCLUDES) $(MODULES) $(CPPFLAGS) $(SAFEFFLAGS) -g -c $*.F

.F.s:
$(F90) $(INCLUDES) $(MODULES) $(CPPFLAGS) $(FFLAGS) -S -g -c $*.F

.F90.o:
$(F90) $(INCLUDES) $(MODULES) $(CPPFLAGS) $(FFLAGS) -c $*.F90

.F90.i:
$(F90) $(INCLUDES) $(MODULES) $(CPPFLAGS) -E $*.F90 > $*.i

.F90.g:
$(F90) $(INCLUDES) $(MODULES) $(CPPFLAGS) $(SAFEFFLAGS) -g -c $*.F90

.F90.s:
$(F90) $(INCLUDES) $(MODULES) $(CPPFLAGS) $(FFLAGS) -S -g -c $*.F90

.c.o:
$(CC) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c $*.c

.c.i:
$(CC) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -E $*.c > $*.i

.c.g:
$(CC) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -g -c $*.c

.c.s:
$(CC) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -S -g -c $*.c

小弟在此謝過了

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1樓 2013-10-24 16:36:43

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
superrice: 金幣+10, ★有幫助 2013-10-24 20:09:23

把不識別的參數(shù)去掉

[ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ]

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竹天

2樓2013-10-24 19:38:40

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superrice

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引用回帖:

2樓: Originally posted by niuyingli at 2013-10-24 19:38:40
把不識別的參數(shù)去掉

非常感謝專家回復(fù)，去掉之后還是有點(diǎn)錯誤。
use mpi
1
致命錯誤： Cannot read module file 'mpi.mod' opened at (1), because it was created by a different version of GNU Fortran
make[2]: *** [dalton_mpi.o] 錯誤 1
make[1]: *** [mod] 錯誤 2
make[1]: Leaving directory `/home/guga/Dalton2011_release/DALTON/lucita'
make: *** [LUCITA_OBJ] 錯誤 2

請問這是怎么回事，是我openmpi沒裝好嗎？我是用新裝的GCC編譯的呀，好奇怪啊。

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3樓2013-10-24 20:09:15

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【答案】應(yīng)助回帖

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
superrice: 金幣+10, ★有幫助 2013-10-24 21:15:31
gmy1990: 金幣+2 2013-10-24 21:35:08

你確定你按照我的帖子http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3808279&fpage=1來編譯的，看你的FFLAGS參數(shù)應(yīng)該用的不是gfortran和gcc編譯的，反而是pgi編譯器的pgfortran編譯的。
如果是使用的gfortran/gcc，openmpi編譯的，你可以直接使用我那帖子中的Makefile.config

gnu編譯器也能編譯成功，但為了程序的執(zhí)行速度，使用Intel編譯器和mkl數(shù)學(xué)庫編譯為佳

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4樓2013-10-24 20:27:09

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引用回帖:

4樓: Originally posted by wuy069 at 2013-10-24 20:27:09
你確定你按照我的帖子http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3808279&fpage=1來編譯的，看你的FFLAGS參數(shù)應(yīng)該用的不是gfortran和gcc編譯的，反而是pgi編譯器的pgfortran編譯的。
如果是使用的gfortran/gcc， ...

感謝專家回復(fù)，我想我是按照你的帖子做的，我再重新編譯下openmpi看看，實(shí)在不行就換ifort試試，謝謝。

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5樓2013-10-24 21:15:23

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祝樓主百尺竿頭更進(jìn)一步.....

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6樓2013-10-24 21:26:57

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gmy1990: 金幣+5 2013-10-24 21:49:39
superrice: 金幣+10, ★有幫助 2013-10-24 22:09:41

引用回帖:

5樓: Originally posted by superrice at 2013-10-24 21:15:23
感謝專家回復(fù)，我想我是按照你的帖子做的，我再重新編譯下openmpi看看，實(shí)在不行就換ifort試試，謝謝。...

你的openmpi可能是pgfortran（PGI編譯器）編譯的，你先檢查下自己的編譯環(huán)境吧；自己根目錄下的.bashrc以及/etc/profile等里面關(guān)于PGI的先去掉吧
用gfortran/gcc編譯64 bit openmpi
./configure --prefix=/path/to/your_openmpi CXX=g++ CC=gcc F77=gfortran FC=gfortran FFLAGS="-m64 -fdefault-integer-8" FCFLAGS="-m64 -fdefault-integer-8" CFLAGS=-m64 CXXFLAGS=-m64

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7樓2013-10-24 21:42:05

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如果這些你都確定，你直接那我那Makefile.config，里面按照你的情況修改下；不用在DALTON目錄下configure產(chǎn)生Makefile.config了，配置好openmpi環(huán)境后，直接編譯就可以了

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8樓2013-10-24 21:45:48

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7樓: Originally posted by wuy069 at 2013-10-24 21:42:05
你的openmpi可能是pgfortran（PGI編譯器）編譯的，你先檢查下自己的編譯環(huán)境吧；自己根目錄下的.bashrc以及/etc/profile等里面關(guān)于PGI的先去掉吧
用gfortran/gcc編譯64 bit openmpi
./configure --prefix=/path/ ...

感謝專家回復(fù)，我先檢查一下，說實(shí)話我只知道gfort和ifort，還不知道有PGI的編譯器。。更別提裝過了。。實(shí)驗(yàn)室單機(jī)應(yīng)該就我一人用�；蛘呤悄J(rèn)自帶的，我的OS是RHEL5.5，再次感謝回復(fù)，我再看看。

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9樓2013-10-24 22:09:21

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8樓: Originally posted by wuy069 at 2013-10-24 21:45:48
如果這些你都確定，你直接那我那Makefile.config，里面按照你的情況修改下；不用在DALTON目錄下configure產(chǎn)生Makefile.config了，配置好openmpi環(huán)境后，直接編譯就可以了

-- WARNING: mpi.mod compiled with different compiler, will use mpif.h instead
-- WARNING: Cannot determine whether MPI is built for 32bit integers

-- Performing Test MPI_COMPATIBLE
-- Performing Test MPI_COMPATIBLE - Success
-- Performing Test MPI_COMPILER_MATCHES
-- Performing Test MPI_COMPILER_MATCHES - Failed
-- Performing Test MPI_ITYPE_MATCHES
-- Performing Test MPI_ITYPE_MATCHES - Failed
我用的是同樣的編譯器啊，怎么總顯示不同的編譯器呢？也驗(yàn)證是64位的了

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10樓2015-04-06 21:00:37

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