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leanner鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
用DMol3做過渡態(tài)，出現(xiàn)問題，求助！ 已有1人參與
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新手一枚，在用DMol3做過渡態(tài)時，反應(yīng)物為碳管+解離的氧原子，生成物為吸附后的結(jié)構(gòu)，想做這個反應(yīng)的過渡態(tài)，各個原子已經(jīng)匹配好，DMol3參數(shù)也已經(jīng)設(shè)置好，點Run之后提示：The document does not contain a valid trajectory。 求助該如何解決？ 111 |
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泡花alkali
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2樓2019-04-09 14:32:58
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【答案】應(yīng)助回帖
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如果要走LST/QST過程的話應(yīng)該要先在tools里面的reaction preview選擇優(yōu)化好的反應(yīng)物、產(chǎn)物對對應(yīng)的原子進行匹配，然后生成（插值得到）的軌跡，然后在激活軌跡文件的情況下運行TS search任務(wù)。 如果反應(yīng)很簡單，你可以直接手工搭建或?qū)δ硞�自由度做約束進行優(yōu)化得到近似的過渡態(tài)，然后計算活性區(qū)域的partial Hessian直接進行TS opt而不必去做LST/QST。當然這需要足夠的經(jīng)驗和技巧。 |
3樓2019-04-10 00:04:00
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