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變性梯度凝膠電泳、焦磷酸測序、宏基因組測序的區(qū)別，不足可以補充 已有1人參與
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變性梯度凝膠電泳、焦磷酸測序、宏基因組測序的區(qū)別 DGGE的原理 雙鏈DNA 分子在一般的聚丙烯酰胺凝膠電泳時，其遷移行為決定于其分子大小和電荷。不同長度的DNA 片段能夠被區(qū)分開，但同樣長度的DNA 片段在膠中的遷移行為一樣，因此不能被區(qū)分。DGGE/TGGE 技術(shù)在一般的聚丙烯酰胺凝膠基礎(chǔ)上，加入了變性劑（尿素和甲酰胺）梯度，從而能夠把同樣長度但序列不同的DNA 片段區(qū)分開來。一個特定的DNA 片段有其特有的序列組成，其序列組成決定了其解鏈區(qū)域(meltingdomain, MD)和解鏈行為(melting behavior) 。一個幾百個堿基對的DNA 片段一般有幾個解鏈區(qū)域，每個解鏈區(qū)域有一段連續(xù)的堿基對組成。當變性劑濃度逐漸增加達到其最低的解鏈區(qū)域濃度時，該區(qū)域這一段連續(xù)的堿基對發(fā)生解鏈。當濃度度再升高依次達到各其他解鏈區(qū)域濃度時，這些區(qū)域也依次發(fā)生解鏈。直到變性劑濃度達到最高的解鏈區(qū)域濃度后，最高的解鏈區(qū)域也發(fā)生解鏈，從而雙鏈DNA 完全解鏈。DGGE 已廣泛用于分析自然環(huán)境中細菌、藍細菌, 古菌、微型真核生物、真核生物和病毒群落的生物多樣性。這一技術(shù)能夠提供群落中優(yōu)勢種類信息并同時分析多個樣品，具有可重復和操作簡單等特點, 適合于調(diào)查種群的時空變化, 并且可通過對條帶的序列分析或與特異性探針雜交分析鑒定群落組成。DGGE通過逐漸增加的化學變性劑線性濃度梯度可以把長度相同但只有一個堿基不同的DNA片段分離。DNA分子的雙鏈在特定溫度下會分離，這個溫度取決于互補鏈的氫鍵含量（富含GC的區(qū)域融解溫度較高）和相鄰堿基的引力。 焦磷酸測序 是454高通量測序平臺的測序原理. 宏基因組測序 是高通量測序的服務項目中的一種，就是對環(huán)境樣本中提取的總DNA直接進行測序，可以采用454或者Hiseq 2000 測序平臺進行測序。454讀長比較長，拼接效果比較好，但是費用比較高；Hiseq2000 讀長較短，但是通量非常高，費用比較低。 |
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2樓2015-08-19 15:39:11
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