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fxpy631銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
分子動力學(xué)結(jié)果的判斷標(biāo)準(zhǔn)
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| 我們進(jìn)行分子動力學(xué)模擬時(shí)，設(shè)置不同的參數(shù)，運(yùn)行不同的時(shí)間，都能得出相應(yīng)的結(jié)果，但結(jié)果好壞的判斷標(biāo)準(zhǔn)是什么呢？RMSD越小越好，還是能量越低越好，等等？ |
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 MD分子動力學(xué) |
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2樓2013-11-02 20:30:37
fxpy631
銅蟲 (小有名氣)
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3樓2013-11-03 19:55:14
★ ★
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-11-03 20:43:47
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-11-03 20:43:47
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一個(gè)過程，它的演化只是滿足運(yùn)動方程和邊界條件。如果程序是對的，模擬的結(jié)果當(dāng)然是正確的。分子動力學(xué)好不好或準(zhǔn)不準(zhǔn)，歸根結(jié)底在與你的原子或分子之間的相互勢場是不是合理的。我對蛋白質(zhì)與水的相互作用不清楚。我覺得應(yīng)該有人開發(fā)相應(yīng)的勢，勢好不好就得看文獻(xiàn)，或自己測試。 如果是第一原理的分子動力學(xué)就不存在上面的問題了。它直接從量子力學(xué)原理出發(fā)得到原子之間的相互作用力。 模擬就是模擬真實(shí)世界的過程。只要模型合理，結(jié)果都是正確的。 |
4樓2013-11-03 20:23:49
xuzuorui
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5樓2013-11-04 08:21:59
syonghua
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6樓2013-11-05 18:22:50
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