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yida木蟲 (小有名氣)
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[求助]
擴(kuò)散系數(shù)的計(jì)算及體系平衡的判斷
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| 我想模擬糖分子在水體系中與金表面的相互作用，采用Discover跑的動力學(xué)，擴(kuò)散系數(shù)是許多分子的統(tǒng)計(jì)平均值的話，我所構(gòu)建的模型中只含一個(gè)糖分子，想問下這個(gè)的模型計(jì)算擴(kuò)散系數(shù)合適嗎?如何判斷體系有沒有達(dá)到平衡態(tài)？我看到許多判斷標(biāo)準(zhǔn)，有看動力學(xué)時(shí)間的，有看MSD對t曲線的，還有看lnMSD對lnt作圖看是否成線性的，還有看RMSD是否平行于x軸呈一條直線，想問下如何得到RMSD隨時(shí)間變化的曲線？我用的是MS 6.0，用的是Forcite模塊分析，還有就是如果看是否呈線性的話r值是多少？比如我運(yùn)行了5ns的動力學(xué)，3-4.5ns的呈線性這樣是否達(dá)到平衡？問題比較多，希望高手指導(dǎo) |
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 晶體模型計(jì)算分析 | 擴(kuò)散系數(shù) |
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sciencejoy
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2樓2013-07-01 22:53:32
yida
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請教下弛豫時(shí)間如何計(jì)算？ 我一般建好模型后會把模型的結(jié)構(gòu)優(yōu)化，然后跑500ps NVT系綜的動力學(xué)，最后跑NVE系綜分析熱力學(xué)性質(zhì)，但是NVE系綜的問題就是能量雖然是守恒的，動力學(xué)過程中溫度一直在上升，比如我跑NVE系綜設(shè)置的初始溫度是298K,跑過NVE后的溫度可能就上升到了500K左右，這時(shí)的性質(zhì)是不是就不能代表298K時(shí)的性質(zhì)了？看到有的帖子上提到可以采用NVT來對溫度進(jìn)行校正，想問下具體怎么操作？ 問題比較多，請高手指導(dǎo)！ |
3樓2013-07-02 08:39:33
sciencejoy
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4樓2013-07-02 08:56:09
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5樓2013-07-02 09:18:21
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