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yida木蟲 (小有名氣)
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[求助]
擴散系數(shù)的計算及體系平衡的判斷
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| 我想模擬糖分子在水體系中與金表面的相互作用，采用Discover跑的動力學，擴散系數(shù)是許多分子的統(tǒng)計平均值的話，我所構(gòu)建的模型中只含一個糖分子，想問下這個的模型計算擴散系數(shù)合適嗎?如何判斷體系有沒有達到平衡態(tài)？我看到許多判斷標準，有看動力學時間的，有看MSD對t曲線的，還有看lnMSD對lnt作圖看是否成線性的，還有看RMSD是否平行于x軸呈一條直線，想問下如何得到RMSD隨時間變化的曲線？我用的是MS 6.0，用的是Forcite模塊分析，還有就是如果看是否呈線性的話r值是多少？比如我運行了5ns的動力學，3-4.5ns的呈線性這樣是否達到平衡？問題比較多，希望高手指導 |
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 晶體模型計算分析 | 擴散系數(shù) |
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yida
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