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yida木蟲 (小有名氣)
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[求助]
擴散系數(shù)的計算及體系平衡的判斷
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| 我想模擬糖分子在水體系中與金表面的相互作用,采用Discover跑的動力學(xué),擴散系數(shù)是許多分子的統(tǒng)計平均值的話,我所構(gòu)建的模型中只含一個糖分子,想問下這個的模型計算擴散系數(shù)合適嗎?如何判斷體系有沒有達到平衡態(tài)?我看到許多判斷標準,有看動力學(xué)時間的,有看MSD對t曲線的,還有看lnMSD對lnt作圖看是否成線性的,還有看RMSD是否平行于x軸呈一條直線,想問下如何得到RMSD隨時間變化的曲線?我用的是MS 6.0,用的是Forcite模塊分析,還有就是如果看是否呈線性的話r值是多少?比如我運行了5ns的動力學(xué),3-4.5ns的呈線性這樣是否達到平衡?問題比較多,希望高手指導(dǎo) |
晶體模型計算分析 | 擴散系數(shù) |
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