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fxpy631銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
分子動(dòng)力學(xué)結(jié)果的判斷標(biāo)準(zhǔn)
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| 我們進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬時(shí),設(shè)置不同的參數(shù),運(yùn)行不同的時(shí)間,都能得出相應(yīng)的結(jié)果,但結(jié)果好壞的判斷標(biāo)準(zhǔn)是什么呢?RMSD越小越好,還是能量越低越好,等等? |
MD分子動(dòng)力學(xué) |
新蟲 (初入文壇)
銅蟲 (小有名氣)
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一個(gè)過程,它的演化只是滿足運(yùn)動(dòng)方程和邊界條件。如果程序是對的,模擬的結(jié)果當(dāng)然是正確的。分子動(dòng)力學(xué)好不好或準(zhǔn)不準(zhǔn),歸根結(jié)底在與你的原子或分子之間的相互勢場是不是合理的。我對蛋白質(zhì)與水的相互作用不清楚。我覺得應(yīng)該有人開發(fā)相應(yīng)的勢,勢好不好就得看文獻(xiàn),或自己測試。 如果是第一原理的分子動(dòng)力學(xué)就不存在上面的問題了。它直接從量子力學(xué)原理出發(fā)得到原子之間的相互作用力。 模擬就是模擬真實(shí)世界的過程。只要模型合理,結(jié)果都是正確的。 |
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