 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3868 | 回復(fù): 12 | |||||
| 【獎勵】 本帖被評價8次，作者sobereva增加金幣 6.4 個 | |||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||||
sobereva至尊木蟲 (著名寫手)
|
[資源]
Multiwfn結(jié)合VMD繪制AIM拓撲分析圖 已有2人參與
|
||||
|
Multiwfn結(jié)合VMD繪制AIM拓撲分析圖 實空間函數(shù)的拓撲分析是Multiwfn（http://multiwfn.codeplex.com）的重要功能之一，電子密度及其拉普拉斯函數(shù)的拓撲分析是AIM分析中的核心，而ELF、LOL的拓撲分析在分析成鍵方式、芳香性等問題上也有重要應(yīng)用。在Multiwfn中這些都可以通過主功能2來實現(xiàn)。關(guān)于實空間函數(shù)的拓撲分析的基本概念和在Multiwfn里的操作在此帖都有介紹：《使用Multiwfn做拓撲分析以及計算孤對電子角度》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/c84fa5089156806dd55a11c3） 雖然Multiwfn的拓撲分析功能本身就能繪制出臨界點和拓撲路徑，也足夠滿足通常的需要，但是如果想得到更漂亮的效果，或者更自由地控制顯示方式，則可以將分析結(jié)果從Multiwfn導(dǎo)出并通過VMD程序來繪制。此文就介紹下過程。這里以苯酚的電子密度拓撲分析（或稱AIM拓撲分析）為例來說明。 首先我們還是先照常在Multiwfn里找出體系的各種臨界點并生成鍵徑。啟動Multiwfn，然后依次輸入 examples\PhenolDimer.wfn 2 //主功能2 2 //以原子核位置作為搜索臨界點的初猜 3 //以每兩個原子的中點作為搜索臨界點的初猜 0 //查看結(jié)果 從命令行界面中可以看到找出了61個臨界點，并且Poincare-Hopf關(guān)系已經(jīng)滿足了。同時從蹦出來的圖形窗口中也可以憑直覺看到該有的臨界點也都有了，說明臨界點都找全了。于是關(guān)閉窗口，然后選8，就把鍵徑都生成了，這即是(3,-3)和(3,-1)臨界點之間的拓撲路徑。雖然也可以再選9把(3,+1)和(3,+3)之間的拓撲路徑生成出來，但沒太大價值，這里就不做了。然后選0，可以看到臨界點和鍵徑都出現(xiàn)在圖中了，紫/橙/黃/綠小球分別代表核臨界點/鍵臨界點/環(huán)臨界點/籠臨界點。如果點擊窗口右側(cè)"Paths labels"復(fù)選框，還可以看到每條鍵徑的序號，如下所示  關(guān)閉圖形窗口，然后將臨界點和拓撲路徑都導(dǎo)出為.pdb文件。具體做法是選-4進入臨界點修改/導(dǎo)出界面，然后選6 Export CPs as pdb file in current folder，臨界點就被導(dǎo)出到當(dāng)前目錄下的CPs.pdb里了，每個臨界點對應(yīng)此文件中的一個原子，并且如屏幕提示所示，不同元素的原子對應(yīng)不同類型臨界點，即碳/氮/氧/氟分別對應(yīng)(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)。選0退回到拓撲分析主菜單，再進入選項-5，即修改、顯示、導(dǎo)出以及計算拓撲路徑上的性質(zhì)的界面。然后選6 Export paths as paths.pdb file in current folder，這樣拓撲路徑就被導(dǎo)出到當(dāng)前目錄下的path.pdb里了。實際上拓撲路徑就是由一連串緊挨著的點來表示的，整體來看就連成了曲線。在path.pdb里，這些構(gòu)成鍵徑的點對應(yīng)于一個個碳原子，每個原子所屬殘基編號就對應(yīng)于拓撲路徑的編號。 下面我們就要在VMD中繪圖了。VMD是個十分靈活、效果出色的免費的分子可視化軟件，下載地址見http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/。這里用VMD1.9版。 啟動VMD，將CPs.pdb拖到主窗口VMD Main中，然后就會看到一副雖然有點藝術(shù)感，但是連線亂七八糟的圖，這是因為VMD自動判斷了原子間連接關(guān)系。我們選Graphics-Representation來改變顯示方式。這里讓(3,-3)臨界點都用紫色圓點顯示，就改成下圖中這樣，即Selected Atoms輸入name C，Drawing Method用Points，Coloring Method用ColorID并自己指定顏色，大小通過Size來調(diào)  然后把(3,-1)也顯示。點擊Create Rep新建顯示方式，輸入name N，然后設(shè)定好繪制方法、顏色和尺寸。然后再類似地顯示出(3,+1)和(3,+3)，它們用name O和name F選擇。最后繪制的效果如下。為了凸顯(3,-3)臨界點，它的size由默認的11改為了20。  上圖用的是黑色背景，臨界點位置看得很清楚，但是如果用白色背景（命令行窗口輸入color Display Background white），臨界點的顏色應(yīng)該用得深一些。 接下來顯示鍵徑。我們把paths.pdb拖進VMD Main窗口，進入Graphics-Representation后確認Selected Molecule已經(jīng)切換到paths.pdb了。將Drawing Method改為Points，Size改為1，顏色改為青色。這時圖像看起來效果已經(jīng)很好了。  我們還可以對圖像進行更進一步修改。比如，我們想讓兩個苯酚之間的鍵徑和分子內(nèi)的鍵徑區(qū)分開以便觀察。為此，我們先從本文的第一張圖找出分子間鍵徑的編號，可以看出編號是35 36 55 56 49 50。然后我們在把鍵徑對應(yīng)的selected atoms框的內(nèi)容由默認的all改為all not resid 35 36 55 56 49 50，這時由圖可見只剩下分子內(nèi)的鍵徑顯示在圖中了。然后點擊Create Rep，將新的顯示方式的所選原子設(shè)為resid 35 36 55 56 49 50，然后把顏色設(shè)為紅色。我們再做些調(diào)整，比如這里把分子內(nèi)的鍵徑加粗（即設(shè)大size），相應(yīng)地把(3,-3)和(3,-1)臨界點的size也加大一些，并且不讓(3,+3)顯示出來，最終的圖像如下所示  可見顯示效果非常不錯。依照這種方法，還可以繪制諸如ELF、LOL等實空間函數(shù)的拓撲路徑，操作過程一樣，這里就不累述了。 Multiwfn雖然內(nèi)建了很方便的可視化結(jié)果的功能，但為了靈活性考慮很多地方都留出了專門的選項用于導(dǎo)出數(shù)據(jù)，以便通過外部程序諸如VMD、sigmaplot等程序繪圖，以滿足一些有個性用戶的需求。使用Multiwfn時應(yīng)當(dāng)多嘗試，對照著手冊相應(yīng)章節(jié)領(lǐng)會各個選項的含義。Multiwfn的靈活性與VMD的靈活性相結(jié)合使得繪制許多需要用戶高度自定義的圖像成為了可能，這是其它任何程序都無法代替的。其它的Multiwfn與VMD相結(jié)合進行繪圖的例子見《通過鍵級曲線和ELF/LOL/RDG等值面動畫研究化學(xué)反應(yīng)過程》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/e839b2d2efd0aadf241f4015）和《使用Multiwfn結(jié)合VMD分析和繪制分子表面靜電勢分布》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/692f9a83d8e9a5c8b071545d）。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 資源收集 | 量化軟件學(xué)習(xí) | SOB 集錦 |
» 猜你喜歡
關(guān)于引力延遲下雙星系統(tǒng)角動量不守恒的疑惑---求高手解答！
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
CSC訪學(xué)博后項目獲批，外方學(xué)校暫停合作該怎么辦？
已經(jīng)有51人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有252人回復(fù)
-
求標(biāo)準(zhǔn)卡片Cu0.4In0.4Zn1.2S2 PDF#32-0340
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
量子點電致發(fā)光器件（QLED）：藍光量子點（QDs）和納米氧化鋅電子傳輸材料
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
需要一個圓偏振光誘導(dǎo)化學(xué)反應(yīng)，請問使用圓偏振光作為光源，應(yīng)該需要哪些設(shè)備搭建
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
分子動力學(xué)模擬合作需求
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
求ENDNOTE破解軟件安裝包
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
河海大學(xué) （211.雙一流高校）鈣鈦礦光電實驗室丁勇團隊歡迎有志青年！
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
黑龍江省原子能研究院化學(xué)課題組招收2026級化學(xué)專業(yè)或化學(xué)相關(guān)專業(yè)碩士生
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 一起北京看美女吧：量子化學(xué)波函數(shù)分析暨Multiwfn程序使用培訓(xùn)班
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 如何用Multiwfn軟件做出P DOS?
已經(jīng)有4人回復(fù)
- AIM鍵臨界點處電子密度拉普拉斯值符號判斷相互作用類型失敗原因的圖形分析
已經(jīng)有24人回復(fù)
- 使用Multiwfn繪制原子軌道圖形、研究原子殼層結(jié)構(gòu)及相對論效應(yīng)的影響
已經(jīng)有17人回復(fù)
- Multiwfn的初步學(xué)習(xí)，越詳細越好。
已經(jīng)有6人回復(fù)
- MultiWFN想要生成用于NBO分析的cub時不能載入.37文件
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 使用Multiwfn繪制NBO及相關(guān)軌道
已經(jīng)有30人回復(fù)
- 用Multiwfn、Gaussview、Molekel、VMD觀看龍蝦、盆景、骨盆、大腦
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 引用了multiwfn的論文�，F(xiàn)在multiwfn軟件已經(jīng)有19次引用率了呢
已經(jīng)有13人回復(fù)
- G09中計算AIM計算過渡金屬原子和氫原子間作用的問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 使用Multiwfn做拓撲分析以及計算孤對電子角度
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 回答一些關(guān)于Multiwfn的疑問以及未來Multiwfn的發(fā)展打算
已經(jīng)有37人回復(fù)
- 【sobereva個人文集】電子定域性的圖形分析
已經(jīng)有56人回復(fù)
4樓2013-11-05 15:43:33
2樓2013-11-05 09:51:34
7樓2013-11-06 00:54:26
9樓2013-11-07 05:44:17
簡單回復(fù)
ifmc12345樓
2013-11-05 18:52
回復(fù)
五星好評 
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +5 | 呼呼呼。。。。 2026-03-17 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷 +3 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩調(diào)劑 +5 | 204818@lcx 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +9 | 負心者當(dāng)誅 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +5 | 時間點 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑0703 +8 | 啊我我的 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿985，本科211，0817化學(xué)工程與技術(shù)319求調(diào)劑 +5 | Liwangman 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +5 | 素年祭語 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工 323 英一+數(shù)二+物化，一志愿：哈工大 本人本科雙一流 +4 | 自由的_飛翔 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +4 | 學(xué)海漂泊 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 學(xué)碩285求調(diào)劑 +13 | Wisjxn 2026-03-12 | 46/2300 |
|
|
|
[考研] 招收0805（材料）調(diào)劑 +3 | 18595523086 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +5 | 是Lupa啊 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +9 | ADT 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 工科，求調(diào)劑 +3 | 我887 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +5 | 超級伊昂大王 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿211化學(xué)學(xué)碩310分求調(diào)劑 +8 | 努力奮斗112 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考博] 26讀博 +4 | Rui135246 2026-03-12 | 10/500 |
|