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M1ngq

金蟲(chóng) (初入文壇)

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[求助] AutoDock、Vina使用中的一些問(wèn)題已有1人參與

1.在AutoDock中那通過(guò)“Docking——>Search Parameters…——>"選擇一種算法之后，彈出來(lái)一個(gè)對(duì)話(huà)框（已附圖）。分別有一個(gè)"Runs"和"Cycle"的輸入框，這兩個(gè)各自代表什么？。想要對(duì)接100次需要怎么設(shè)置？主要是想對(duì)結(jié)合能進(jìn)行分析

   2.另外我在用Vina的時(shí)候，有一個(gè)“l(fā)og.txt”的文件，里面的這些英文分別代表什么啊。
mode | affinity | dist from best mode
   | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1       -6.5    0.000    0.000
2       -6.2    28.079    30.789
3       -5.9    29.035    31.313
4       -5.8    26.887    30.246
5       -5.7    26.230    28.168
6       -5.6    27.449    30.266
7       -5.5    1.262    2.125
8       -5.4    26.819    28.874
9       -5.4    1.938    11.644
Writing output ... done.

6(G$KKY1O[IK1AB5~_}$R@8.jpg

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1樓 2013-11-06 17:58:54

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s1g2k3

鐵蟲(chóng) (小有名氣)

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對(duì)接一百次？還是輸出一百個(gè)構(gòu)象，vina的第一列是能量值，越低越穩(wěn)定，也是按照這個(gè)排列的，第二行是以后的構(gòu)象與第一個(gè)構(gòu)象的距離，第三列是以后的構(gòu)象和第一構(gòu)象的差別情況。

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知識(shí)總是多的學(xué)不完，但是真的藝不壓身。

2樓2013-11-09 10:35:11

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M1ngq

金蟲(chóng) (初入文壇)

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引用回帖:

2樓: Originally posted by s1g2k3 at 2013-11-09 10:35:11
對(duì)接一百次？還是輸出一百個(gè)構(gòu)象，vina的第一列是能量值，越低越穩(wěn)定，也是按照這個(gè)排列的，第二行是以后的構(gòu)象與第一個(gè)構(gòu)象的距離，第三列是以后的構(gòu)象和第一構(gòu)象的差別情況。

是對(duì)接一百次。另外你這里說(shuō)的對(duì)接一百個(gè)構(gòu)像，有什么便捷設(shè)置嗎？非要一個(gè)構(gòu)像一個(gè)構(gòu)像的分次對(duì)接嗎

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3樓2013-11-11 13:09:07

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yangming98

ok

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4樓2014-01-23 23:17:51

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longytu

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【答案】應(yīng)助回帖

★
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-12 16:32:56

RUN 為對(duì)接次數(shù)設(shè)置

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5樓2014-02-07 17:58:19

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