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為什么轉錄因子結合很多基因調(diào)控序列卻不影響基因表達？
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| 求助各位大神：為什么轉錄因子結合很多基因調(diào)控序列卻不影響基因表達？以及相應的實驗設計方案。。 |
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jurkat.1640
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2樓2013-11-10 11:11:19
凌波麗
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【答案】應助回帖
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感謝參與，應助指數(shù) +1
gyesang: 金幣+3, 麗麗好人！ 2013-11-12 01:40:32
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gyesang: 金幣+3, 麗麗好人！ 2013-11-12 01:40:32
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轉錄因子結合很多基因調(diào)控序列卻不影響基因表達，因為接觸到的那些DNA片段不是該轉錄因子具體作用的片段，兩者只是非特異性的結合，另一種情況，該轉錄因子的下游蛋白質沒有表達或者失活，或者是病理情況，或者再生條件下激活下游的蛋白質表達需要不止一種蛋白質因子的出現(xiàn)，或者需要相關的蛋白質因子達到一定的濃度閥值。 如果樓主要具體的實驗設計，那么必須給出你的具體的實驗條件和目的，否則沒法設計。另外，我們需要具體討論，不能光我說出數(shù)千字就沒有人理我了。 |
3樓2013-11-11 00:19:40
凌波麗
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4樓2013-11-11 00:21:16
5樓2013-11-11 09:55:44
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【答案】應助回帖
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gyesang: 金幣+5, 一回帖就是經(jīng)典！ 2013-11-12 01:41:02
gyesang: 金幣+5, 一回帖就是經(jīng)典！ 2013-11-12 01:41:02
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我在三和四樓已經(jīng)回答了可能的三種原因嗎？ 我讓你具體說說你的轉錄因子的情況，比如你憑什么斷定它是轉錄因子？還有第四個原因：它即使是轉錄因子也不一定就直接和DNA調(diào)控片段結合，而是可能與和DNA片段直接結合的其他因子結合，你做沒做過WB，調(diào)取一下可能的結合的蛋白質？你用沒用過三級結構預測出三維結構或者一直三維結構，然后根據(jù)同源蛋白質或折疊子預測其可能的生物功能？這種轉錄因子與哪些DNA調(diào)控序列的結合力更大？該轉錄因子結合力更大的那些DNA調(diào)控序列結合了那些其他的調(diào)控因子一般有神木功能？神木叫所有的調(diào)控序列？你的轉錄因子在什么細胞中發(fā)現(xiàn)？你的轉錄因子在細胞周期的表達量是不是有變化？其表達量最大的細胞周期最可能有功能。該轉錄因子不結合和DNA調(diào)控片段結合時出于什么狀態(tài)？是否在細胞核？是否有和其他的蛋白質結合？ 我已經(jīng)說出了可能的原因和試驗方法。但是你不要總是重復題目好不好？你們做了哪些檢測都依據(jù)沒有提。 附錄：轉錄因子數(shù)據(jù)庫與轉錄因子預測軟件 轉錄因子數(shù)據(jù)庫： TRANSFAC: http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html TRRD: http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ TFD: http://www.ifti.org/ JASPAP : http://jaspar.cgb.ki.se/ DBTSS: http://dbtess.hgc.jp/ 轉錄因子預測軟件： March 1.0 http://compel.binet.nsc,ru/March/March.html TFSEACH http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEACH.html MAPPER http://mapper.chip.org P-March: http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html TESS http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess PatSearch http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/PatSearch m2transfac http://explain.biobase.de/cgi-bin/m2transfac/bin/start.cgi Signal Scan http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/ |
6樓2013-11-11 10:22:02
7樓2013-11-11 13:00:55
凌波麗
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