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為什么轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合很多基因調(diào)控序列卻不影響基因表達(dá)？
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| 求助各位大神：為什么轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合很多基因調(diào)控序列卻不影響基因表達(dá)？以及相應(yīng)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)方案。。 |
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 蛋白質(zhì)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) | 核酸生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) |
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2樓2013-11-10 11:11:19
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gyesang: 金幣+3, 麗麗好人！ 2013-11-12 01:40:32
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轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合很多基因調(diào)控序列卻不影響基因表達(dá)，因?yàn)榻佑|到的那些DNA片段不是該轉(zhuǎn)錄因子具體作用的片段，兩者只是非特異性的結(jié)合，另一種情況，該轉(zhuǎn)錄因子的下游蛋白質(zhì)沒(méi)有表達(dá)或者失活，或者是病理情況，或者再生條件下激活下游的蛋白質(zhì)表達(dá)需要不止一種蛋白質(zhì)因子的出現(xiàn)，或者需要相關(guān)的蛋白質(zhì)因子達(dá)到一定的濃度閥值。 如果樓主要具體的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，那么必須給出你的具體的實(shí)驗(yàn)條件和目的，否則沒(méi)法設(shè)計(jì)。另外，我們需要具體討論，不能光我說(shuō)出數(shù)千字就沒(méi)有人理我了。 |
3樓2013-11-11 00:19:40
凌波麗
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4樓2013-11-11 00:21:16
5樓2013-11-11 09:55:44
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【答案】應(yīng)助回帖
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gyesang: 金幣+5, 一回帖就是經(jīng)典！ 2013-11-12 01:41:02
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我在三和四樓已經(jīng)回答了可能的三種原因嗎？ 我讓你具體說(shuō)說(shuō)你的轉(zhuǎn)錄因子的情況，比如你憑什么斷定它是轉(zhuǎn)錄因子？還有第四個(gè)原因：它即使是轉(zhuǎn)錄因子也不一定就直接和DNA調(diào)控片段結(jié)合，而是可能與和DNA片段直接結(jié)合的其他因子結(jié)合，你做沒(méi)做過(guò)WB，調(diào)取一下可能的結(jié)合的蛋白質(zhì)？你用沒(méi)用過(guò)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)出三維結(jié)構(gòu)或者一直三維結(jié)構(gòu)，然后根據(jù)同源蛋白質(zhì)或折疊子預(yù)測(cè)其可能的生物功能？這種轉(zhuǎn)錄因子與哪些DNA調(diào)控序列的結(jié)合力更大？該轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合力更大的那些DNA調(diào)控序列結(jié)合了那些其他的調(diào)控因子一般有神木功能？神木叫所有的調(diào)控序列？你的轉(zhuǎn)錄因子在什么細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)？你的轉(zhuǎn)錄因子在細(xì)胞周期的表達(dá)量是不是有變化？其表達(dá)量最大的細(xì)胞周期最可能有功能。該轉(zhuǎn)錄因子不結(jié)合和DNA調(diào)控片段結(jié)合時(shí)出于什么狀態(tài)？是否在細(xì)胞核？是否有和其他的蛋白質(zhì)結(jié)合？ 我已經(jīng)說(shuō)出了可能的原因和試驗(yàn)方法。但是你不要總是重復(fù)題目好不好？你們做了哪些檢測(cè)都依據(jù)沒(méi)有提。 附錄：轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)與轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)軟件 轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)： TRANSFAC: http://www.gene-regulation.com/pub/databses.html TRRD: http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ TFD: http://www.ifti.org/ JASPAP : http://jaspar.cgb.ki.se/ DBTSS: http://dbtess.hgc.jp/ 轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)軟件： March 1.0 http://compel.binet.nsc,ru/March/March.html TFSEACH http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEACH.html MAPPER http://mapper.chip.org P-March: http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html TESS http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess PatSearch http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/PatSearch m2transfac http://explain.biobase.de/cgi-bin/m2transfac/bin/start.cgi Signal Scan http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/ |
6樓2013-11-11 10:22:02
7樓2013-11-11 13:00:55
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