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木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 30 (小學生)
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紅花: 31
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在線: 331.1小時
蟲號: 1773039
注冊: 2012-04-23
性別: GG
專業(yè): 材料物理化學

[求助] 測試晶格參數(shù)出現(xiàn)問題

我根據(jù)侯博士手冊上的教程測試晶格參數(shù)，因為我這提交任務(wù)需要腳本，所以將run_a0添加在我的腳本里，但是測試的結(jié)果總是少一個，請大家?guī)兔Ψ治鲆幌�。先貼上腳本文件。#!/bin/sh
APP_NAME=intelg_mid
NP=12
NP_PER_NODE=12
RUN="RAW"
CURDIR=$PWD

VASP=~/bin/vasp.5.2.11-mp
source /home-gg/compiler/intel/composer_xe_2011_sp1/bin/compilervars.sh intel64
source /home-gg/compiler/mpi/openmpi-1.4.4-intel.sh

cd $CURDIR

#start creating .nodelist
rm -rf $CURDIR/nodelist >& /dev/null
for i in `echo $LSB_HOSTS`
do
echo "$i" >> $CURDIR/nodelist
done
nodelist=$(cat $CURDIR/nodelist | uniq | awk '{print $1}' | tr '\n' ',')

rm WAVECAR
for j in 3.5  3.9  4.3

do
cat > POSCAR <<!
Pt
$j
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
Direct
0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
!
echo "a = $j";
mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n" , $5}'`
echo $V $E >> EtVo.dat
#
#
echo -n "start time  " > time
date >> time
mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $VASP  &> vasp.out
echo -n "end time  " >> time ; date >> time
cat time >> vasp.out
done
#
#
exit

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1樓 2013-11-13 09:36:20

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