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zhglxjt銀蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于QSAR建模過(guò)程中分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化方面的疑問(wèn) 已有1人參與
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我正在進(jìn)行定量構(gòu)效關(guān)系（QSAR）建模方法的研究，主要是進(jìn)行算法方面的改進(jìn)與應(yīng)用，需要一些標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集進(jìn)行驗(yàn)證，但是目前只能獲取一些數(shù)據(jù)集的分子結(jié)構(gòu)式或結(jié)構(gòu)圖，需要自己利用相關(guān)軟件（ISIS Draw 等）畫(huà)出分子結(jié)構(gòu)圖，然后利用HyperChem軟件對(duì)分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化，最后產(chǎn)生分子結(jié)構(gòu)描述符。由于我才接觸定量構(gòu)效關(guān)系不久，許多地方不是太了解，前期主要是通過(guò)查閱文獻(xiàn)，從文獻(xiàn)中查找相關(guān)方法，目前很多文獻(xiàn)里提到了用HyperChem軟件對(duì)分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化，但是其中有幾段對(duì)分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化的描述不是很理解，如下： 1. All calculations were carried out at restricted Hartree Fock level with no configuration interaction （所有的計(jì)算都是在限制性的Hartree-Fock方程的基礎(chǔ)上完成的，沒(méi)有考慮組態(tài)相互作用） 請(qǐng)熟悉QSAR的大牛能夠幫忙解答，不甚感激~ |
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2樓2013-11-21 17:15:09
zhglxjt
銀蟲(chóng) (初入文壇)
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計(jì)算分子結(jié)構(gòu)描述符時(shí)，為什么要進(jìn)行分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化？我看了相關(guān)文獻(xiàn)，像組成描述符和拓?fù)涿枋龇让枋龇挠?jì)算不需要進(jìn)行分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化，是不是要計(jì)算3維描述符時(shí)才需要進(jìn)行分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化？還有一點(diǎn)是，不同文獻(xiàn)里提到的分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法是不相同的，如何選取合適的分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法呢？求指導(dǎo)，謝謝~ |
3樓2013-11-22 11:17:28
qdykswang
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【答案】應(yīng)助回帖
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dbb627: 金幣+2, 應(yīng)助指數(shù)+1, 感謝參與討論 2013-11-23 13:47:37
zhglxjt: 金幣+3, ★★★很有幫助 2013-11-24 16:22:35
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zhglxjt: 金幣+3, ★★★很有幫助 2013-11-24 16:22:35
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1.是。計(jì)算三維描述符時(shí)要進(jìn)行分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化。 2. 不同的物質(zhì)分子所包含的原子數(shù)量與種類(lèi)不同，所選擇的結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法就不一樣。精確的方法得到的結(jié)果準(zhǔn)確，但需要的計(jì)算機(jī)配置高、計(jì)算時(shí)間長(zhǎng)，有時(shí)候要根據(jù)自己的分子特點(diǎn)選擇簡(jiǎn)化的方法，只要方法得當(dāng)，也能得到較好的結(jié)果。 |
4樓2013-11-22 13:34:49
5樓2015-07-13 10:09:35
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