 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2037 | 回復: 5 | |||
[交流]
ds中的分子優(yōu)化
|
| 我的ds中做分子優(yōu)化的時候，優(yōu)化到最后能量還是很高，想請教一下大家是怎么做小分子優(yōu)化的在DS里面，而且每次都只能賦予CHARMm力場，steepest descent and powell 方法都做了對每個分子，優(yōu)化出來能量偏高啊。 |
回復此樓» 猜你喜歡
323求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
一志愿北京化工大學 070300 學碩 336分 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
352求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
一志愿東華大學化學070300，求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復
-
277材料科學與工程080500求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
317求調(diào)劑
已經(jīng)有18人回復
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
280分求調(diào)劑 一志愿085802
已經(jīng)有7人回復
-
0854電子信息求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
263求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 從原子到大分子體系的計算機模擬
已經(jīng)有3人回復
- 求助！新手高斯幾何優(yōu)化的問題
已經(jīng)有4人回復
- 分子優(yōu)化總是出錯，請大家?guī)兔?/a>
已經(jīng)有9人回復
- 關(guān)于QSAR建模過程中分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化方面的疑問
已經(jīng)有4人回復
- DS分子對接怎么評價？
已經(jīng)有3人回復
- 使用amber力場，一些參數(shù)無法獲得
已經(jīng)有5人回復
- DS 2.5 不能用 Pipeline Pilot
已經(jīng)有3人回復
- 溶劑化構(gòu)型優(yōu)化問題
已經(jīng)有5人回復
- 分子的HOMO、LOMO 能量
已經(jīng)有7人回復
- ds做動力學優(yōu)化
已經(jīng)有6人回復
- 求助：蛋白質(zhì)對接 分子動力學
已經(jīng)有10人回復
- 關(guān)于TD-DFT優(yōu)化構(gòu)型并計算頻率的問題
已經(jīng)有12人回復
- DS 做分子對接
已經(jīng)有3人回復
- DS Server none
已經(jīng)有6人回復
- DS 3.0分子優(yōu)化
已經(jīng)有7人回復
- 請問一下DS做分子對接的步驟？
已經(jīng)有10人回復
- 【求助】用DS優(yōu)化后的分子和pipeline pilot優(yōu)化后的分子的RS構(gòu)型問題
已經(jīng)有6人回復
- 【求助】請問用什么軟件模擬一個化合物并能優(yōu)化構(gòu)型計算出分子大小
已經(jīng)有6人回復
- 【討論】分子對接的基本問題
已經(jīng)有8人回復
- 【求助】哪位能幫忙寫一下DS中小分子和蛋白對接的方法��？計算一下能量什么的？非常感
已經(jīng)有12人回復
- 【討論】H-BEA分子篩優(yōu)化后結(jié)果和文獻不一樣，是怎么回i事？高手指點一下
已經(jīng)有4人回復
- 【求助】請教用DS做3D-QSAR問題
已經(jīng)有11人回復
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
基金祈福
+3/1817
-
湘潭大學化工學院國家級人才團隊2026年博士研究生招生
+1/58
-
武漢高校接受研究生調(diào)劑，材料、化學、紡織方向
+2/44
-
招收材料、化學類調(diào)劑生，專碩學碩均可
+1/39
-
河南工學院誠聘優(yōu)秀凝聚態(tài)物理和電子科學與技術(shù)相關(guān)專業(yè)碩博研究生
+2/34
-
武漢高校國家級人才團隊招收材料，化學，紡織等專業(yè)碩士調(diào)劑生
+2/34
-
中國科學院杭州醫(yī)學研究所覃江江課題組招聘博士后
+1/30
-
研究生 調(diào)劑 看過來- 機械、控制工程、力學類（流體力學、一般力學等） 211 雙一流
+1/28
-
麗水學院 材料與能源工程學院 陳江飛老師課題組碩士招生----材料與化工專業(yè)
+1/16
-
【預碩】【預博】青島大學生物醫(yī)藥創(chuàng)新轉(zhuǎn)化
+1/15
-
招收專業(yè)代碼08的學碩！
+1/15
-
【深圳理工大學】院士工作站招聘博士后-電催化和有機電化學
+1/12
-
西南某211招27屆博士
+1/12
-
【2026考研調(diào)劑】南方科技大學-深圳理工大學聯(lián)培 086000 免疫方向(26.9入學)
+1/9
-
中國民航飛行學院先進連接團隊招收航空宇航、航空機械專業(yè)碩士研究生（學碩專碩均可）
+1/7
-
大連海事大學船舶潔凈能源研究中心2026年博士研究生招生啟事
+1/6
-
286求調(diào)劑
+1/6
-
河南大學龔和貴教授2026年博士研究生招生
+1/5
-
5han一本強校招收材料專業(yè)碩士
+1/5
-
溫州醫(yī)科大學招收特種醫(yī)學博士研究生1名（專業(yè)不限，有實驗基礎）
+1/1
2樓2012-02-23 12:56:53
3樓2012-02-23 14:25:29
4樓2012-02-23 15:39:21
★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
家強(金幣+2): 2012-02-24 09:22:35
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
家強(金幣+2): 2012-02-24 09:22:35
|
建議你先找本分子動力學的書看一下，我一般用ds做大分子，小分子沒怎么做過。以下是我從維基百科上搜到的，每種力場都不是萬能的，找到適用的就行。 常用力場函數(shù)和分類 不同的分子力場會選取不同的函數(shù)形式來描述上述能量與體系構(gòu)型之間的關(guān)系。到目前，不同的科研團隊設計了很多適用于不同體系的力場函數(shù)，根據(jù)他們選擇的函數(shù)和力場參數(shù)，可以分為以下幾類 傳統(tǒng)力場 AMBER力場：由Kollman課題組開發(fā)的力場，是目前使用比較廣泛的一種力場，適合處理生物大分子。 CHARMM力場：由Karplus課題組開發(fā)，對小分子體系到溶劑化的大分子體系都有很好的擬合。 CVFF力場：CVFF力場是一個可以用于無機體系計算的力場 MMX力場：MMX力場包括MM2和MM3，是目前應用最為廣泛的一種力場，主要針對有機小分子 第二代力場 第二代的勢能函數(shù)形式比傳統(tǒng)力場要更加復雜，涉及的力場參數(shù)更多，計算量也更大，當然也相應地更加準確。 CFF力場CFF力場是一個力場家族，包括了CFF91、PCFF、CFF95等很多力場，可以進行從有機小分子、生物大分子到分子篩等諸多體系的計算 COMPASS力場由MSI公司開發(fā)的力場，擅長進行高分子體系的計算 MMF94力場Hagler開發(fā)的力場，是目前最準確的力場之一 通用力場 通用力場也叫基于規(guī)則的力場，它所應用的力場參數(shù)是基于原子性質(zhì)計算所得，用戶可以通過自主設定一系列分子作為訓練集來生成合用的力場參數(shù) ESFF力場MSI公司開發(fā)的力場，可以進行有機、無機分子的計算 UFF力場可以計算周期表上所有元素的參數(shù) Dreiding力場適用于有機小分子、大分子、主族元素的計算 |
5樓2012-02-24 07:30:33
6樓2012-02-24 09:23:30
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 家強 的主題更新
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 +3 | α____ 2026-03-22 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑院校信息 +6 | CX 330 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 269專碩求調(diào)劑 +6 | 金恩貝 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料學碩301分求調(diào)劑 +7 | Liyouyumairs 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +3 | 喜歡還是不甘心 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料 271求調(diào)劑 +5 | 展信悅_ 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 南昌大學材料專碩311分求調(diào)劑 +6 | 77chaselx 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +6 | 梁茜雯 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 083200學碩321分一志愿暨南大學求調(diào)劑 +3 | innocenceF 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國石油大學（華東） 本科齊魯工業(yè)大學 +3 | 石能偉 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學 ，070300化學學碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3 | 晨昏線與星海 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +4 | 一志愿京區(qū)211 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑，科研經(jīng)歷豐富 +3 | 牛奶很忙 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | eation27 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工專碩調(diào)劑 +7 | heming3743 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[論文投稿]
申請回稿延期一個月，編輯同意了。但系統(tǒng)上的時間沒變，給編輯又寫郵件了，沒回復
10+3
|
wangf9518 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿福大288有機化學，求調(diào)劑 +3 | 小木蟲200408204 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] [導師推薦]西南科技大學國防/材料導師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|