[交流] ds中的分子優(yōu)化

我的ds中做分子優(yōu)化的時候，優(yōu)化到最后能量還是很高，想請教一下大家是怎么做小分子優(yōu)化的在DS里面，而且每次都只能賦予CHARMm力場，steepest descent and powell 方法都做了對每個分子，優(yōu)化出來能量偏高啊。

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1樓 2012-02-23 10:22:53

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家強

木蟲 (著名寫手)

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3樓: Originally posted by 870609 at 2012-02-23 14:25:29:
小分子做能量優(yōu)化時力場要選合適的，此外在作大分子時需要先進行束縛優(yōu)化，然后再逐步放開束縛優(yōu)化，直接一步優(yōu)化結(jié)果通常比較糟，而且以我個人經(jīng)驗優(yōu)化后能量變化比較大，但是結(jié)構(gòu)打分可能會下降

那一般選擇什么力場，在有MMFF94和CHARMm力場的前提下，怎么做是束縛優(yōu)化，不懂呢。

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4樓2012-02-23 15:39:21

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yaohua009

木蟲 (著名寫手)

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家強(金幣+1): 2012-02-23 15:37:29

小分子優(yōu)化的力場，當然選FFMM了

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2樓2012-02-23 12:56:53

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870609

金蟲 (小有名氣)

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家強(金幣+1): 2012-02-23 15:37:25

小分子做能量優(yōu)化時力場要選合適的，此外在作大分子時需要先進行束縛優(yōu)化，然后再逐步放開束縛優(yōu)化，直接一步優(yōu)化結(jié)果通常比較糟，而且以我個人經(jīng)驗優(yōu)化后能量變化比較大，但是結(jié)構(gòu)打分可能會下降

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3樓2012-02-23 14:25:29

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870609

金蟲 (小有名氣)

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家強(金幣+2): 2012-02-24 09:22:35

建議你先找本分子動力學的書看一下，我一般用ds做大分子，小分子沒怎么做過。以下是我從維基百科上搜到的，每種力場都不是萬能的，找到適用的就行。
常用力場函數(shù)和分類

不同的分子力場會選取不同的函數(shù)形式來描述上述能量與體系構(gòu)型之間的關(guān)系。到目前，不同的科研團隊設(shè)計了很多適用于不同體系的力場函數(shù)，根據(jù)他們選擇的函數(shù)和力場參數(shù)，可以分為以下幾類
傳統(tǒng)力場
AMBER力場：由Kollman課題組開發(fā)的力場，是目前使用比較廣泛的一種力場，適合處理生物大分子。
CHARMM力場：由Karplus課題組開發(fā)，對小分子體系到溶劑化的大分子體系都有很好的擬合。
CVFF力場：CVFF力場是一個可以用于無機體系計算的力場
MMX力場：MMX力場包括MM2和MM3，是目前應(yīng)用最為廣泛的一種力場，主要針對有機小分子
第二代力場
第二代的勢能函數(shù)形式比傳統(tǒng)力場要更加復雜，涉及的力場參數(shù)更多，計算量也更大，當然也相應(yīng)地更加準確。
CFF力場CFF力場是一個力場家族，包括了CFF91、PCFF、CFF95等很多力場，可以進行從有機小分子、生物大分子到分子篩等諸多體系的計算
COMPASS力場由MSI公司開發(fā)的力場，擅長進行高分子體系的計算
MMF94力場Hagler開發(fā)的力場，是目前最準確的力場之一
通用力場
通用力場也叫基于規(guī)則的力場，它所應(yīng)用的力場參數(shù)是基于原子性質(zhì)計算所得，用戶可以通過自主設(shè)定一系列分子作為訓練集來生成合用的力場參數(shù)
ESFF力場MSI公司開發(fā)的力場，可以進行有機、無機分子的計算
UFF力場可以計算周期表上所有元素的參數(shù)
Dreiding力場適用于有機小分子、大分子、主族元素的計算

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5樓2012-02-24 07:30:33

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