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ds中的分子優(yōu)化
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| 我的ds中做分子優(yōu)化的時候，優(yōu)化到最后能量還是很高，想請教一下大家是怎么做小分子優(yōu)化的在DS里面，而且每次都只能賦予CHARMm力場，steepest descent and powell 方法都做了對每個分子，優(yōu)化出來能量偏高啊。 |
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2樓2012-02-23 12:56:53
3樓2012-02-23 14:25:29
4樓2012-02-23 15:39:21
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
家強(金幣+2): 2012-02-24 09:22:35
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
家強(金幣+2): 2012-02-24 09:22:35
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建議你先找本分子動力學的書看一下，我一般用ds做大分子，小分子沒怎么做過。以下是我從維基百科上搜到的，每種力場都不是萬能的，找到適用的就行。 常用力場函數(shù)和分類 不同的分子力場會選取不同的函數(shù)形式來描述上述能量與體系構型之間的關系。到目前，不同的科研團隊設計了很多適用于不同體系的力場函數(shù)，根據(jù)他們選擇的函數(shù)和力場參數(shù)，可以分為以下幾類 傳統(tǒng)力場 AMBER力場：由Kollman課題組開發(fā)的力場，是目前使用比較廣泛的一種力場，適合處理生物大分子。 CHARMM力場：由Karplus課題組開發(fā)，對小分子體系到溶劑化的大分子體系都有很好的擬合。 CVFF力場：CVFF力場是一個可以用于無機體系計算的力場 MMX力場：MMX力場包括MM2和MM3，是目前應用最為廣泛的一種力場，主要針對有機小分子 第二代力場 第二代的勢能函數(shù)形式比傳統(tǒng)力場要更加復雜，涉及的力場參數(shù)更多，計算量也更大，當然也相應地更加準確。 CFF力場CFF力場是一個力場家族，包括了CFF91、PCFF、CFF95等很多力場，可以進行從有機小分子、生物大分子到分子篩等諸多體系的計算 COMPASS力場由MSI公司開發(fā)的力場，擅長進行高分子體系的計算 MMF94力場Hagler開發(fā)的力場，是目前最準確的力場之一 通用力場 通用力場也叫基于規(guī)則的力場，它所應用的力場參數(shù)是基于原子性質(zhì)計算所得，用戶可以通過自主設定一系列分子作為訓練集來生成合用的力場參數(shù) ESFF力場MSI公司開發(fā)的力場，可以進行有機、無機分子的計算 UFF力場可以計算周期表上所有元素的參數(shù) Dreiding力場適用于有機小分子、大分子、主族元素的計算 |
5樓2012-02-24 07:30:33
6樓2012-02-24 09:23:30
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