[交流] ds中的分子優(yōu)化

我的ds中做分子優(yōu)化的時候，優(yōu)化到最后能量還是很高，想請教一下大家是怎么做小分子優(yōu)化的在DS里面，而且每次都只能賦予CHARMm力場，steepest descent and powell 方法都做了對每個分子，優(yōu)化出來能量偏高啊。

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

291求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
309求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
085601材料工程找調(diào)劑已經(jīng)有10人回復(fù)
297求調(diào)劑已經(jīng)有11人回復(fù)
一志愿南航 335分 | 0856 | GPA 4.07 | 有科研經(jīng)歷已經(jīng)有6人回復(fù)
070305高分子化學(xué)與物理 304分求調(diào)劑已經(jīng)有11人回復(fù)
環(huán)境工程 085701，267求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
一志愿鄭州大學(xué)，080500學(xué)碩，總分317分求調(diào)劑已經(jīng)有9人回復(fù)
考研調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

從原子到大分子體系的計算機(jī)模擬已經(jīng)有3人回復(fù)
求助！新手高斯幾何優(yōu)化的問題已經(jīng)有4人回復(fù)
分子優(yōu)化總是出錯，請大家?guī)兔?/a> 已經(jīng)有9人回復(fù)

關(guān)于QSAR建模過程中分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化方面的疑問已經(jīng)有4人回復(fù)
DS分子對接怎么評價？已經(jīng)有3人回復(fù)
使用amber力場，一些參數(shù)無法獲得已經(jīng)有5人回復(fù)
DS 2.5 不能用 Pipeline Pilot 已經(jīng)有3人回復(fù)
溶劑化構(gòu)型優(yōu)化問題已經(jīng)有5人回復(fù)
分子的HOMO、LOMO 能量已經(jīng)有7人回復(fù)
ds做動力學(xué)優(yōu)化已經(jīng)有6人回復(fù)
求助：蛋白質(zhì)對接分子動力學(xué) 已經(jīng)有10人回復(fù)
關(guān)于TD-DFT優(yōu)化構(gòu)型并計算頻率的問題已經(jīng)有12人回復(fù)
DS 做分子對接已經(jīng)有3人回復(fù)
DS Server none 已經(jīng)有6人回復(fù)
DS 3.0分子優(yōu)化已經(jīng)有7人回復(fù)
請問一下DS做分子對接的步驟？已經(jīng)有10人回復(fù)
【求助】用DS優(yōu)化后的分子和pipeline pilot優(yōu)化后的分子的RS構(gòu)型問題已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助】請問用什么軟件模擬一個化合物并能優(yōu)化構(gòu)型計算出分子大小已經(jīng)有6人回復(fù)
【討論】分子對接的基本問題已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】哪位能幫忙寫一下DS中小分子和蛋白對接的方法�。坑嬎阋幌履芰渴裁吹模糠浅８� 已經(jīng)有12人回復(fù)
【討論】H-BEA分子篩優(yōu)化后結(jié)果和文獻(xiàn)不一樣，是怎么回i事？高手指點一下已經(jīng)有4人回復(fù)
【求助】請教用DS做3D-QSAR問題已經(jīng)有11人回復(fù)

» 搶金幣啦！回帖就可以得到:

查看全部散金貼

1樓 2012-02-23 10:22:53

已閱關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

870609

金蟲 (小有名氣)

★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
家強(qiáng)(金幣+1): 2012-02-23 15:37:25

小分子做能量優(yōu)化時力場要選合適的，此外在作大分子時需要先進(jìn)行束縛優(yōu)化，然后再逐步放開束縛優(yōu)化，直接一步優(yōu)化結(jié)果通常比較糟，而且以我個人經(jīng)驗優(yōu)化后能量變化比較大，但是結(jié)構(gòu)打分可能會下降

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2012-02-23 14:25:29

已閱關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 6 個回答

yaohua009

木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 4 (幼兒園)
金幣: 4866
帖子: 1420
在線: 658.6小時
蟲號: 87869

★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
家強(qiáng)(金幣+1): 2012-02-23 15:37:29

小分子優(yōu)化的力場，當(dāng)然選FFMM了

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2012-02-23 12:56:53

已閱關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

家強(qiáng)

木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 30 (小學(xué)生)
金幣: 5087.1
帖子: 1522
在線: 566.7小時
蟲號: 1343610

引用回帖:

3樓: Originally posted by 870609 at 2012-02-23 14:25:29:
小分子做能量優(yōu)化時力場要選合適的，此外在作大分子時需要先進(jìn)行束縛優(yōu)化，然后再逐步放開束縛優(yōu)化，直接一步優(yōu)化結(jié)果通常比較糟，而且以我個人經(jīng)驗優(yōu)化后能量變化比較大，但是結(jié)構(gòu)打分可能會下降

那一般選擇什么力場，在有MMFF94和CHARMm力場的前提下，怎么做是束縛優(yōu)化，不懂呢。

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2012-02-23 15:39:21

已閱關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

870609

金蟲 (小有名氣)

★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
家強(qiáng)(金幣+2): 2012-02-24 09:22:35

建議你先找本分子動力學(xué)的書看一下，我一般用ds做大分子，小分子沒怎么做過。以下是我從維基百科上搜到的，每種力場都不是萬能的，找到適用的就行。
常用力場函數(shù)和分類

不同的分子力場會選取不同的函數(shù)形式來描述上述能量與體系構(gòu)型之間的關(guān)系。到目前，不同的科研團(tuán)隊設(shè)計了很多適用于不同體系的力場函數(shù)，根據(jù)他們選擇的函數(shù)和力場參數(shù)，可以分為以下幾類
傳統(tǒng)力場
AMBER力場：由Kollman課題組開發(fā)的力場，是目前使用比較廣泛的一種力場，適合處理生物大分子。
CHARMM力場：由Karplus課題組開發(fā)，對小分子體系到溶劑化的大分子體系都有很好的擬合。
CVFF力場：CVFF力場是一個可以用于無機(jī)體系計算的力場
MMX力場：MMX力場包括MM2和MM3，是目前應(yīng)用最為廣泛的一種力場，主要針對有機(jī)小分子
第二代力場
第二代的勢能函數(shù)形式比傳統(tǒng)力場要更加復(fù)雜，涉及的力場參數(shù)更多，計算量也更大，當(dāng)然也相應(yīng)地更加準(zhǔn)確。
CFF力場CFF力場是一個力場家族，包括了CFF91、PCFF、CFF95等很多力場，可以進(jìn)行從有機(jī)小分子、生物大分子到分子篩等諸多體系的計算
COMPASS力場由MSI公司開發(fā)的力場，擅長進(jìn)行高分子體系的計算
MMF94力場Hagler開發(fā)的力場，是目前最準(zhǔn)確的力場之一
通用力場
通用力場也叫基于規(guī)則的力場，它所應(yīng)用的力場參數(shù)是基于原子性質(zhì)計算所得，用戶可以通過自主設(shè)定一系列分子作為訓(xùn)練集來生成合用的力場參數(shù)
ESFF力場MSI公司開發(fā)的力場，可以進(jìn)行有機(jī)、無機(jī)分子的計算
UFF力場可以計算周期表上所有元素的參數(shù)
Dreiding力場適用于有機(jī)小分子、大分子、主族元素的計算

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2012-02-24 07:30:33

已閱關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 調(diào)劑310 +8	溫柔的晚安 2026-03-25	9/450	2026-03-29 08:19 by fmesaito
[考研] 11408軟件工程求調(diào)劑 +3	Qiu學(xué)ing 2026-03-28	3/150	2026-03-28 21:50 by zhq0425
[考研] 085701求調(diào)劑初試286分 +4	secret0328 2026-03-28	4/200	2026-03-28 21:09 by 15366876211
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3	raojunqi0129 2026-03-28	3/150	2026-03-28 15:27 by 落�？伤�
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +8	邱gl 2026-03-27	8/400	2026-03-28 12:42 by 唐沐兒
[考研] 0856，材料與化工321分求調(diào)劑 +12	大饞小子 2026-03-27	13/650	2026-03-28 10:56 by self2008
[考研] 材料求調(diào)劑一志愿哈工大324 +7	閆旭東 2026-03-28	9/450	2026-03-28 08:51 by Xu de nuo
[考研] 308求調(diào)劑 +7	墨墨漠 2026-03-27	7/350	2026-03-28 07:43 by 熱情沙漠
[考研] 266求調(diào)劑 +11	陽陽哇塞 2026-03-27	12/600	2026-03-27 17:56 by yu221
[考研] 安徽大學(xué)專碩生物與醫(yī)藥專業(yè)(086000)324分，英語已過四六級，六級521，求調(diào)劑 +4	美味可樂雞翅 2026-03-26	4/200	2026-03-27 15:27 by 星空星月
[考研] 085600，材料與化工321分，求調(diào)劑 +9	大饞小子 2026-03-27	9/450	2026-03-27 14:30 by mmm just
[考研] 333求調(diào)劑 +3	question挽風(fēng) 2026-03-23	3/150	2026-03-27 11:29 by 不吃魚的貓
[考研] 考研調(diào)劑 +9	小蠟新筆 2026-03-26	9/450	2026-03-27 11:10 by 不吃魚的貓
[考研] 0703化學(xué)338求調(diào)劑！ +6	Zuhui0306 2026-03-26	7/350	2026-03-27 10:35 by shangxh
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +3	丹青奶蓋 2026-03-26	5/250	2026-03-26 20:11 by macy2011
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +3	崔wj 2026-03-26	3/150	2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 一志愿河工大 081700 276求調(diào)劑 +4	地球繞著太陽轉(zhuǎn) 2026-03-23	4/200	2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 285求調(diào)劑 +3	AZMK 2026-03-24	3/150	2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 調(diào)劑 +4	13853210211 2026-03-24	4/200	2026-03-24 19:44 by ms629
[有機(jī)交流] 有機(jī)合成求助 20+3	FENGSHUJEI 2026-03-23	5/250	2026-03-24 19:31 by 88817753