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lousulin金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
跪求分子高手指點(diǎn):品種間的基因序列差異,可以忽視,直接轉(zhuǎn)基因嗎?
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本人最近從一種花中擴(kuò)增一個(gè)基因,準(zhǔn)備轉(zhuǎn)進(jìn)另外一個(gè)物種。但是測(cè)序結(jié)果發(fā)現(xiàn):擴(kuò)增的基因和NCBI上報(bào)道的基因序列存在17個(gè)堿基的差異,98%的同源性(突變位置均勻分布,且多次獨(dú)立試驗(yàn)結(jié)果重復(fù),故排除PCR等操作過(guò)程造成的基因突變),應(yīng)該是由于不同品種造成的序列差異,關(guān)鍵是蛋白發(fā)生移碼了。 NCBI上報(bào)道的該基因是具有酶活催化功能的,但我擴(kuò)增得到的序列有差異的基因,我不能確定它是否也具有該酶活。心里沒(méi)底啊,轉(zhuǎn)基因之后會(huì)不會(huì)沒(méi)有表型?不敢進(jìn)一步往下做啦,求高手指點(diǎn)。不勝感激!。 |
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
鐵桿木蟲(chóng) (文壇精英)
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
至尊木蟲(chóng) (知名作家)
不良人
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盯了好久,看了有點(diǎn)頭疼!因?yàn)槲沂遣锁B(niǎo) 看樓主的描述,應(yīng)該是擴(kuò)增的CDNA,序列相似性高達(dá)98%,但氨基酸序列發(fā)生移碼,不能高度匹配了,這算同一基因在不同種間的差別,還是理解為基因家族成員間的差別呢? 統(tǒng)一樓上的說(shuō)法,既然樓主研究酶,做酶活應(yīng)該是很靠譜的。 樓主可以對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行編碼蛋白預(yù)測(cè),然后就目標(biāo)蛋白進(jìn)行blast比對(duì),看有無(wú)與之相對(duì)的蛋白。 先給自己的基因定性,會(huì)不會(huì)是一個(gè)新的基因呢?是否獲得了全長(zhǎng)CDNA? 轉(zhuǎn)化是驗(yàn)證基因功能鏈條的一方面,周期太長(zhǎng),結(jié)果難以預(yù)測(cè),樓主在嘗試的同時(shí),可以考慮圍繞基因做點(diǎn)表達(dá)水平,啟動(dòng)子方面的東西來(lái)豐富實(shí)驗(yàn)內(nèi)容。 我只是想到哪說(shuō)到哪里,建議樓主還是多問(wèn)問(wèn)老師及師兄,再設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)流程,三思后行! |

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