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lousulin金蟲 (小有名氣)
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[求助]
跪求分子高手指點(diǎn)：品種間的基因序列差異，可以忽視，直接轉(zhuǎn)基因嗎？
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本人最近從一種花中擴(kuò)增一個(gè)基因，準(zhǔn)備轉(zhuǎn)進(jìn)另外一個(gè)物種。但是測(cè)序結(jié)果發(fā)現(xiàn)：擴(kuò)增的基因和NCBI上報(bào)道的基因序列存在17個(gè)堿基的差異，98%的同源性（突變位置均勻分布，且多次獨(dú)立試驗(yàn)結(jié)果重復(fù)，故排除PCR等操作過程造成的基因突變），應(yīng)該是由于不同品種造成的序列差異，關(guān)鍵是蛋白發(fā)生移碼了。 NCBI上報(bào)道的該基因是具有酶活催化功能的，但我擴(kuò)增得到的序列有差異的基因，我不能確定它是否也具有該酶活。心里沒底啊，轉(zhuǎn)基因之后會(huì)不會(huì)沒有表型？不敢進(jìn)一步往下做啦，求高手指點(diǎn)。不勝感激！�。� |
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yudaoqian88
至尊木蟲 (知名作家)
不良人
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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盯了好久，看了有點(diǎn)頭疼！因?yàn)槲沂遣锁B 看樓主的描述，應(yīng)該是擴(kuò)增的CDNA，序列相似性高達(dá)98%，但氨基酸序列發(fā)生移碼，不能高度匹配了，這算同一基因在不同種間的差別，還是理解為基因家族成員間的差別呢？ 統(tǒng)一樓上的說法，既然樓主研究酶，做酶活應(yīng)該是很靠譜的。 樓主可以對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行編碼蛋白預(yù)測(cè)，然后就目標(biāo)蛋白進(jìn)行blast比對(duì)，看有無與之相對(duì)的蛋白。 先給自己的基因定性，會(huì)不會(huì)是一個(gè)新的基因呢？是否獲得了全長(zhǎng)CDNA? 轉(zhuǎn)化是驗(yàn)證基因功能鏈條的一方面，周期太長(zhǎng)，結(jié)果難以預(yù)測(cè)，樓主在嘗試的同時(shí)，可以考慮圍繞基因做點(diǎn)表達(dá)水平，啟動(dòng)子方面的東西來豐富實(shí)驗(yàn)內(nèi)容。 我只是想到哪說到哪里，建議樓主還是多問問老師及師兄，再設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)流程，三思后行！ |
5樓2013-11-27 16:32:49
283567513
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2樓2013-11-25 21:47:15
zh10246
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3樓2013-11-26 10:06:24
Fleaves
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4樓2013-11-26 11:15:39
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