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michael_sc新蟲(chóng) (初入文壇)
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細(xì)菌基因組分析——COGs如何分類(lèi)？
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最近在做一個(gè)細(xì)菌的基因組分析，里面需要對(duì)預(yù)測(cè)的蛋白做COGs分類(lèi)。 上網(wǎng)查了下，主要是在NCBI上做的。 據(jù)說(shuō)下了數(shù)據(jù)庫(kù)之后本地blast可以做到批量處理 所以去FTP下了數(shù)據(jù)庫(kù)，下了localblast程序，可是完全不知道如何下手啊。 求生信大神來(lái)個(gè)深入淺出的教程。 還有以前帖子上寫(xiě)的單獨(dú)蛋白的COG分類(lèi)（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/xognitor.html）已經(jīng)被NCBI關(guān)了。 在新的NCBI COG頁(yè)面上完全不提供單個(gè)比對(duì)，so該如何做單個(gè)比對(duì)呢？ 跪謝�。�！ ps：我只用localblast 做過(guò)基因序列的批量處理，是網(wǎng)上查了代碼，用perl做了個(gè)腳本做的。 |
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nanhu1984
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2樓2014-01-03 22:56:52
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