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liu_chen_na

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[求助] 蛋白柔性殘基設(shè)置之后非整數(shù)電荷問題？

請教大家一個問題：
Autodock4:
Flexible residues項中把蛋白中ASP,GLU等氨基酸設(shè)置為柔性殘基，然后分別保存為_flex.pdbqt和_rigid.pdbqt文件，但這兩個pdbqt文件中ASP,GLU等氨基酸是不完整的，它們所帶的電荷也不為整數(shù)，之后Grid項中Macromolecule打開_rigid.pdbqt文件也提示有氨基酸帶非整數(shù)電荷，蛋白非整數(shù)電荷。
請問下這種情況該怎么處理，不處理對對接結(jié)果有何影響？
此外，Grid項中Get map tpyes中需要選擇Choose flexresidue嗎？中文教程上沒有選擇。

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1樓 2013-12-11 14:37:54

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