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[求助]
gromacs pull的問(wèn)題！10金幣 已有1人參與
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設(shè)定了一個(gè)離子通道蛋白A,和一個(gè)離子B，想讓B 通過(guò)pull的umbrella模式通過(guò)通道A 我的辦法1，設(shè)定蛋白A是參考組，pull B,但是離子B停留在蛋白A中心不再向下穿透。 辦法2，在通道A另一端設(shè)置一個(gè)參考離子C，把B向離子C 拉動(dòng)，但是離子沒(méi)有向蛋白方向運(yùn)動(dòng)而是從另一側(cè)反向接近C。 請(qǐng)問(wèn)怎么回事，我mdp設(shè)置砍了好幾遍也看不出解決問(wèn)題的方法 有沒(méi)有人知道��？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-12 08:30:39
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-12 08:30:39
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1、你真的理解了你貼的那些命令的意思嗎？？？ 建議你把手冊(cè)這段命令再仔細(xì)閱讀理解一下，讀完也許你就知道為你這些命令運(yùn)行完，會(huì)是你在一樓說(shuō)的那樣。 2、“設(shè)定了一個(gè)離子通道蛋白A,和一個(gè)離子B，想讓B 通過(guò)pull的umbrella模式通過(guò)通道A” 如果是我，我會(huì)選擇“pull_geometry = direction” ，提示到此，其他的設(shè)置請(qǐng)仔細(xì)閱讀手冊(cè)吧。 3、祝好運(yùn)！ |
4樓2013-12-11 19:53:39
2樓2013-12-11 17:00:03
3樓2013-12-11 17:36:26
5樓2013-12-11 21:39:46
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