 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1566 | 回復(fù): 7 | |||
[求助]
gromacs pull的問題！10金幣 已有1人參與
|
|
設(shè)定了一個(gè)離子通道蛋白A,和一個(gè)離子B，想讓B 通過pull的umbrella模式通過通道A 我的辦法1，設(shè)定蛋白A是參考組，pull B,但是離子B停留在蛋白A中心不再向下穿透。 辦法2，在通道A另一端設(shè)置一個(gè)參考離子C，把B向離子C 拉動(dòng)，但是離子沒有向蛋白方向運(yùn)動(dòng)而是從另一側(cè)反向接近C。 請(qǐng)問怎么回事，我mdp設(shè)置砍了好幾遍也看不出解決問題的方法 有沒有人知道��？ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
284求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿山東大學(xué)藥學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
07化學(xué)280分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
求材料，環(huán)境專業(yè)調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
335求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿吉大化學(xué)322求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
環(huán)境學(xué)碩288求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
341求調(diào)劑(一志愿湖南大學(xué)070300)
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 我已經(jīng)裝了gromacs,但為什么這個(gè)grompp運(yùn)行不了
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 安裝arcgis10.1出錯(cuò) error 1335
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 300金幣求幫忙解決個(gè)PMF相關(guān)的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
2樓2013-12-11 17:00:03
3樓2013-12-11 17:36:26
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-12 08:30:39
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-12 08:30:39
|
1、你真的理解了你貼的那些命令的意思嗎？？？ 建議你把手冊(cè)這段命令再仔細(xì)閱讀理解一下，讀完也許你就知道為你這些命令運(yùn)行完，會(huì)是你在一樓說的那樣。 2、“設(shè)定了一個(gè)離子通道蛋白A,和一個(gè)離子B，想讓B 通過pull的umbrella模式通過通道A” 如果是我，我會(huì)選擇“pull_geometry = direction” ，提示到此，其他的設(shè)置請(qǐng)仔細(xì)閱讀手冊(cè)吧。 3、祝好運(yùn)！ |
4樓2013-12-11 19:53:39
5樓2013-12-11 21:39:46
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-12 08:30:44
3115321: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-22 22:31:35
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-12 08:30:44
3115321: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-22 22:31:35
|
我覺得最正確的操作是： 仔細(xì)閱讀手冊(cè)上有關(guān)pull 的有關(guān)命令，再結(jié)合你要模擬的內(nèi)容，搞明白如何設(shè)置參數(shù)。 用gromacs 的 pull code 我也做過一些模擬， 根據(jù)“設(shè)定了一個(gè)離子通道蛋白A,和一個(gè)離子B，想讓B 通過pull的umbrella模式通過通道A” 這個(gè)目標(biāo)，要是我的話，“pull_geometry = direction” 肯定行的。只是你在3樓貼的”pull-vec1 “ 命令也是要做調(diào)整的，我給你提示了，可能你還沒有理解手冊(cè)上的內(nèi)容。還有一個(gè)”pull-rate1 = 0.001“，我不知道你這個(gè)值是根據(jù)什么設(shè)置的？ 現(xiàn)在的提示已經(jīng)非常明確了，多多思考吧。 祝好運(yùn)！ |
6樓2013-12-11 22:09:01
7樓2013-12-22 21:03:05
wpl324
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 125
- 帖子: 4
- 在線: 9.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 3307750
- 注冊(cè): 2014-07-04
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
8樓2015-01-14 15:06:55
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 3115321 的主題更新
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 284求調(diào)劑 +10 | Zhao anqi 2026-03-22 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 求材料，環(huán)境專業(yè)調(diào)劑 +3 | 18567500178 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
[考研] 環(huán)境學(xué)碩288求調(diào)劑 +8 | 皮皮皮123456 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-23 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國石油大學(xué)（華東） 本科齊魯工業(yè)大學(xué) +4 | 石能偉 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
+7
|
2117205181 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料與化工085600，總分304，本科有兩篇sci參與，求調(diào)劑 +4 | 幸運(yùn)的醬醬 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 306求調(diào)劑 +5 | 來好運(yùn)來來來 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +6 | shansx 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 305分求調(diào)劑（食品工程） +4 | Sxy112 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 妮妮ninicgb 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 勇敢的小吳 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +10 | yy要上岸呀 2026-03-17 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調(diào)劑 +5 | 材化逐夢人 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +7 | ^O^乜 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學(xué)071005 +5 | ioodiiij 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 324分 +10 | llllkkkhh 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考博] 26博士申請(qǐng) +3 | 1042136743 2026-03-17 | 3/150 |
|