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[求助]
gromacs pull的問題！10金幣 已有1人參與
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設定了一個離子通道蛋白A,和一個離子B，想讓B 通過pull的umbrella模式通過通道A 我的辦法1，設定蛋白A是參考組，pull B,但是離子B停留在蛋白A中心不再向下穿透。 辦法2，在通道A另一端設置一個參考離子C，把B向離子C 拉動，但是離子沒有向蛋白方向運動而是從另一側(cè)反向接近C。 請問怎么回事，我mdp設置砍了好幾遍也看不出解決問題的方法 有沒有人知道啊？ |
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【答案】應助回帖
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月只藍: 金幣+2, 感謝指導！ 2013-12-12 08:30:44
3115321: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-22 22:31:35
月只藍: 金幣+2, 感謝指導！ 2013-12-12 08:30:44
3115321: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-22 22:31:35
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我覺得最正確的操作是： 仔細閱讀手冊上有關(guān)pull 的有關(guān)命令，再結(jié)合你要模擬的內(nèi)容，搞明白如何設置參數(shù)。 用gromacs 的 pull code 我也做過一些模擬， 根據(jù)“設定了一個離子通道蛋白A,和一個離子B，想讓B 通過pull的umbrella模式通過通道A” 這個目標，要是我的話，“pull_geometry = direction” 肯定行的。只是你在3樓貼的”pull-vec1 “ 命令也是要做調(diào)整的，我給你提示了，可能你還沒有理解手冊上的內(nèi)容。還有一個”pull-rate1 = 0.001“，我不知道你這個值是根據(jù)什么設置的？ 現(xiàn)在的提示已經(jīng)非常明確了，多多思考吧。 祝好運！ |
6樓2013-12-11 22:09:01
2樓2013-12-11 17:00:03
3樓2013-12-11 17:36:26
4樓2013-12-11 19:53:39
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