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gromacs pull的問題！10金幣 已有1人參與
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設(shè)定了一個(gè)離子通道蛋白A,和一個(gè)離子B，想讓B 通過pull的umbrella模式通過通道A 我的辦法1，設(shè)定蛋白A是參考組，pull B,但是離子B停留在蛋白A中心不再向下穿透。 辦法2，在通道A另一端設(shè)置一個(gè)參考離子C，把B向離子C 拉動(dòng)，但是離子沒有向蛋白方向運(yùn)動(dòng)而是從另一側(cè)反向接近C。 請(qǐng)問怎么回事，我mdp設(shè)置砍了好幾遍也看不出解決問題的方法 有沒有人知道��？ |
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2樓2013-12-11 17:00:03
3樓2013-12-11 17:36:26
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-12 08:30:39
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-12 08:30:39
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1、你真的理解了你貼的那些命令的意思嗎？？？ 建議你把手冊(cè)這段命令再仔細(xì)閱讀理解一下，讀完也許你就知道為你這些命令運(yùn)行完，會(huì)是你在一樓說的那樣。 2、“設(shè)定了一個(gè)離子通道蛋白A,和一個(gè)離子B，想讓B 通過pull的umbrella模式通過通道A” 如果是我，我會(huì)選擇“pull_geometry = direction” ，提示到此，其他的設(shè)置請(qǐng)仔細(xì)閱讀手冊(cè)吧。 3、祝好運(yùn)！ |
4樓2013-12-11 19:53:39
5樓2013-12-11 21:39:46
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-12 08:30:44
3115321: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-22 22:31:35
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-12 08:30:44
3115321: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-22 22:31:35
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我覺得最正確的操作是： 仔細(xì)閱讀手冊(cè)上有關(guān)pull 的有關(guān)命令，再結(jié)合你要模擬的內(nèi)容，搞明白如何設(shè)置參數(shù)。 用gromacs 的 pull code 我也做過一些模擬， 根據(jù)“設(shè)定了一個(gè)離子通道蛋白A,和一個(gè)離子B，想讓B 通過pull的umbrella模式通過通道A” 這個(gè)目標(biāo)，要是我的話，“pull_geometry = direction” 肯定行的。只是你在3樓貼的”pull-vec1 “ 命令也是要做調(diào)整的，我給你提示了，可能你還沒有理解手冊(cè)上的內(nèi)容。還有一個(gè)”pull-rate1 = 0.001“，我不知道你這個(gè)值是根據(jù)什么設(shè)置的？ 現(xiàn)在的提示已經(jīng)非常明確了，多多思考吧。 祝好運(yùn)！ |
6樓2013-12-11 22:09:01
7樓2013-12-22 21:03:05
wpl324
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 125
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- 蟲號(hào): 3307750
- 注冊(cè): 2014-07-04
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
8樓2015-01-14 15:06:55
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