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tea_gl9871

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[交流] 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序開(kāi)發(fā)ssr或snp標(biāo)記的可行性，求指教！

請(qǐng)問(wèn)論壇里的蟲(chóng)友們，
我現(xiàn)在做了單一植物材料不同處理?xiàng)l件下的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序RNA-SEQ，數(shù)據(jù)反饋了很多SNP位點(diǎn)，按道理來(lái)說(shuō)應(yīng)該不該有很多snp位點(diǎn)吧？如何證明這是測(cè)序錯(cuò)誤還是真的snp位點(diǎn)？
另外，我還想通過(guò)測(cè)序開(kāi)發(fā)SSR引物，不知道這是否可行？尤其是在群體遺傳和基因定位中的可行性。
求教！求圍觀指點(diǎn)！

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1樓 2013-12-13 15:08:24

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408小芒果

實(shí)習(xí)版主

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8樓: Originally posted by 林夕0825 at 2016-01-10 20:22:14
我想請(qǐng)教一下，你的5000個(gè)SSR是怎么開(kāi)發(fā)出來(lái)的，我現(xiàn)在有全基因組的序列，但是不知道應(yīng)該怎么開(kāi)發(fā)SSR位點(diǎn)，求指點(diǎn)...

我也想開(kāi)發(fā)SSR標(biāo)記，求教

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9樓2016-06-25 23:51:25

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jxgacw2011

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gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2013-12-13 21:45:59
tea_gl9871: 金幣+5 2014-01-06 17:26:53

把過(guò)濾的閾值設(shè)置高一點(diǎn)，SNP自然會(huì)低很多，測(cè)序可以開(kāi)發(fā)SSR引物，但是要做實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證

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2樓2013-12-13 16:45:27

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tea_gl9871

管理員

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2樓: Originally posted by jxgacw2011 at 2013-12-13 16:45:27
把過(guò)濾的閾值設(shè)置高一點(diǎn)，SNP自然會(huì)低很多，測(cè)序可以開(kāi)發(fā)SSR引物，但是要做實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證

通過(guò)測(cè)序開(kāi)發(fā)SSR引物在群體遺傳和基因定位中應(yīng)用，可行嗎？求教

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3樓2013-12-13 20:44:56

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vanheco

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開(kāi)發(fā)SSR當(dāng)然可行，你關(guān)注一下最近發(fā)表的一些文章/。

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4樓2014-01-12 22:53:07

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