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憨憨可愛多木蟲 (正式寫手)
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求轉(zhuǎn)錄組測序相關(guān)文章 已有2人參與
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想要做一種植物的轉(zhuǎn)錄組測序，但是它沒有基因組測序也沒有NCBI中也沒有EST序列，這樣的話后期分析有意義嗎？ 求植物方面的轉(zhuǎn)錄組測序相關(guān)的代表文章，好參考參考 謝謝 |
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kx444555: 金幣+5, 鼓勵交流 2013-11-16 11:29:43
kx444555: 金幣+5, 鼓勵交流 2013-11-16 11:29:43
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容不容易做其實無所謂，都是送出去。一般而言，無參考基因組的轉(zhuǎn)錄組，一般有幾個步驟： 1）對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭序列及低質(zhì)量reads的處理； 2）數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及測序數(shù)據(jù)的成分和質(zhì)量評估； 3）組裝結(jié)果分析； 4）Unigene功能注釋及COG分析； 5）Unigene的GO分類； 6）Unigene代謝通路分析； 7）預(yù)測編碼蛋白框（CDS）； 8）Unigene表達差異分析； 9）Unigene在樣品間的差異GO分類和Pathway富集性分析； 10）SNP分析（僅針對真核生物）； 11）SSR開發(fā)及引物設(shè)計（僅針對真核生物）。 當然，最重要的RNA-seq肯定是做不了的，因為沒有基因組信息。 多倍體轉(zhuǎn)錄組目前研究的人非常少，如果你打算做的話，可以做最基本的一些分析，也能發(fā)paper的，嘿嘿。 話說回來，不知道你的多倍體是自然加倍還是人工加倍，是同源還是異源，你可以多看一些文獻，多倍體的轉(zhuǎn)錄翻譯都與一般的二倍體存在很大差異。多看綜述哦。 |
9樓2013-10-17 20:19:25
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2樓2013-10-15 09:20:17
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4樓2013-10-16 09:13:06
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5樓2013-10-16 09:26:45
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7樓2013-10-16 16:00:40
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8樓2013-10-16 16:01:41
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10樓2013-10-20 09:33:34
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