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敏sunflower金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
MS建模過(guò)程中出錯(cuò) 已有1人參與
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急需各位大俠的幫助！�。。。。�！ 我在建立模型時(shí)，使用Amorphpus Cell-calculation，沒(méi)有選擇optimize geometry，但是仍然出現(xiàn)了與之前求助帖中相同的問(wèn)題（求助帖鏈接http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6767208），描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。與求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不選擇optimize geometry時(shí)能量偏差為8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道現(xiàn)在應(yīng)該怎么做才能成功建立模型，1.是應(yīng)該在選擇optimize geometry時(shí)，將NPT的默認(rèn)值50000kcal/mol修改為90000（大于計(jì)算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 還是2.不選擇optimize geometry，將NPT的默認(rèn)值50000kcal/mol修改為9*10^7（大于計(jì)算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 3.或者還有其他方法。 但是如果按照1或2中修改的話就會(huì)出現(xiàn)一個(gè)問(wèn)題：將NPT默認(rèn)值50000kcal/mol修改為其他值，是在前面建模過(guò)程失敗，并提示能量偏差（給出確定值）大于NPT默認(rèn)值的情況下進(jìn)行的。難道每次建模型都要這樣不斷嘗試修改NPT默認(rèn)值嗎？  |
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cg陳
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AC模塊的construct界面不是只有g(shù)eometry optimization、refine construction和build a crystalline phase這三個(gè)選項(xiàng)嘛，你什么都不要選擇，你就直接構(gòu)建。我的版本是4.2. 怎么可能會(huì)出現(xiàn)NPT能量的問(wèn)題，你怎么設(shè)置的呢？ |
7樓2014-01-12 17:11:14
cg陳
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構(gòu)建無(wú)定型晶胞后 一定要opt。 出現(xiàn)enrgy (8.82135*10^7kcal/mol)，看下你的能量圖，肯定是非常正，顯然構(gòu)型不穩(wěn)定的。 反復(fù)能量最小化，步數(shù)就調(diào)整為2000，肯定是可以的，而且最后的能量是小于0的。 |
2樓2014-01-10 13:18:08
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