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敏sunflower金蟲 (小有名氣)
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[求助]
Amorphous Cell建立模型結(jié)束，但狀態(tài)顯示Error 已有2人參與
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急需大俠們的幫助！最近在用Amorphpus Cell-calculation建立模型，顯示Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。 我想問的是： 一，我在設置參數(shù)的時候并沒有設定 maximum（50000kcal/mol）這個數(shù)值啊，不知道應該怎么做才能使運算正確那？ 二，在Amorphous cell options中有一項是optimize geometry，這個在建模型的時候是否需要選擇那？ 假如有這樣兩個方案：1.在建立模型是選上optimize geometry；2.不選optimize geometry，但在建立模型之后進行forcite-geometry optimization，構(gòu)型優(yōu)化時，兩方案參數(shù)設置相同，不知道做出來是否 有區(qū)別那？ 三，假如上面兩方案沒有區(qū)別，是不是就是說在建立模型時若是選擇Amorphous cell options---optimize geometry，就不用再使用forcite或discover模塊進行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化了？  |
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我建立模型的時候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模塊進行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化。 1 maximum（50000kcal/mol）是默認的 ，可以通過打開對應的對話框修改 2 兩方案參數(shù)設置相同，結(jié)果不會有太大區(qū)別。只是構(gòu)建模型的時候使用幾何優(yōu)化比較耗時，而且你都沒有運行成功，所以還是試試先構(gòu)建再用forcite或discover模塊優(yōu)化 3 是的 |
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2樓2013-12-18 14:43:29
敏sunflower
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3樓2013-12-19 09:09:28
4樓2013-12-19 09:19:43
【答案】應助回帖
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1 我安裝的是6.0，打開discover dynamics，，這個值就是你所需要的。 至于你為什么找不到，估計是軟件安裝不正確。 2 Discover模塊中有minimization和dynamics，minimization與優(yōu)化結(jié)構(gòu)差不多，都可以優(yōu)化結(jié)構(gòu)，看手冊上的詳細定義加以理解 3我建立模型的時候用的是Amorphpus Cell-construction，沒有用calculation自然沒有選擇幾何優(yōu)化。然后使用forcite或discover模塊進行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化 |
5樓2013-12-19 09:44:11
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8樓2013-12-19 17:13:22
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送紅花一朵 |
你好，之前你的回復令我受益很多。我還想向你請教關(guān)于建模的問題。在建立模型時，使用Amorphpus Cell-calculation，沒有選擇optimize geometry，但是仍然出現(xiàn)了與上面相同的問題，描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。與求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不選擇optimize geometry時能量偏差為8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道現(xiàn)在應該怎么做才能成功建立模型，1.是應該在選擇optimize geometry時，將NPT的默認值50000kcal/mol修改為90000（大于計算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 還是2.不選擇optimize geometry，將NPT的默認值50000kcal/mol修改為9*10^7（大于計算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 但是如果這樣修改的話就會出現(xiàn)一個問題：將NPT默認值50000kcal/mol修改為其他值，是在前面建模過程失敗，并提示能量偏差大于NPT默認值的情況下進行的。難道每次建模型都要這樣不斷嘗試修改NPT默認值嗎？ |
9樓2014-01-10 10:32:04
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您好，我現(xiàn)在也是在用Amorphous Cell模塊搭建模型，然后用Discover 模塊結(jié)構(gòu)優(yōu)化能量最小化�，F(xiàn)在想搭建一個結(jié)構(gòu)是一個單獨的氯離子的模型然后去計算溶解度參數(shù)，但是在AC模塊可以搭建出來模型，但是文檔總會顯示 Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000 invoked from within......然后繼續(xù)往下做的話也能出來計算結(jié)果，可否跟你交流一下這個問題？ |
10樓2018-11-16 10:09:02
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