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敏sunflower金蟲 (小有名氣)
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[求助]
Amorphous Cell建立模型結(jié)束，但狀態(tài)顯示Error 已有2人參與
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急需大俠們的幫助！最近在用Amorphpus Cell-calculation建立模型，顯示Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。 我想問的是： 一，我在設(shè)置參數(shù)的時(shí)候并沒有設(shè)定 maximum（50000kcal/mol）這個(gè)數(shù)值啊，不知道應(yīng)該怎么做才能使運(yùn)算正確那？ 二，在Amorphous cell options中有一項(xiàng)是optimize geometry，這個(gè)在建模型的時(shí)候是否需要選擇那？ 假如有這樣兩個(gè)方案：1.在建立模型是選上optimize geometry；2.不選optimize geometry，但在建立模型之后進(jìn)行forcite-geometry optimization，構(gòu)型優(yōu)化時(shí)，兩方案參數(shù)設(shè)置相同，不知道做出來(lái)是否 有區(qū)別那？ 三，假如上面兩方案沒有區(qū)別，是不是就是說(shuō)在建立模型時(shí)若是選擇Amorphous cell options---optimize geometry，就不用再使用forcite或discover模塊進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化了？  |
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【答案】應(yīng)助回帖
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我建立模型的時(shí)候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模塊進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化。 1 maximum（50000kcal/mol）是默認(rèn)的 ，可以通過(guò)打開對(duì)應(yīng)的對(duì)話框修改 2 兩方案參數(shù)設(shè)置相同，結(jié)果不會(huì)有太大區(qū)別。只是構(gòu)建模型的時(shí)候使用幾何優(yōu)化比較耗時(shí)，而且你都沒有運(yùn)行成功，所以還是試試先構(gòu)建再用forcite或discover模塊優(yōu)化 3 是的 |
2樓2013-12-18 14:43:29
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3樓2013-12-19 09:09:28
4樓2013-12-19 09:19:43
【答案】應(yīng)助回帖
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1 我安裝的是6.0，打開discover dynamics，，這個(gè)值就是你所需要的。 至于你為什么找不到，估計(jì)是軟件安裝不正確。 2 Discover模塊中有minimization和dynamics，minimization與優(yōu)化結(jié)構(gòu)差不多，都可以優(yōu)化結(jié)構(gòu)，看手冊(cè)上的詳細(xì)定義加以理解 3我建立模型的時(shí)候用的是Amorphpus Cell-construction，沒有用calculation自然沒有選擇幾何優(yōu)化。然后使用forcite或discover模塊進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化 |
5樓2013-12-19 09:44:11
敏sunflower
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非常感謝你的幫助！ 關(guān)于第一個(gè)問題：maximum（50000kcal/mol）按照你的方法，我已經(jīng)找到了！ 關(guān)于第三個(gè)問題：Amorphous Cell Construction中有Geometry optimize configurations following construction及refine configurations following construction兩選項(xiàng)，看help上面的解釋應(yīng)該就是構(gòu)型優(yōu)化和動(dòng)力學(xué)。你建模的時(shí)候是默認(rèn)兩個(gè)都選擇還是都不選擇那？ |
6樓2013-12-19 11:15:51
7樓2013-12-19 16:00:30
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8樓2013-12-19 17:13:22
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送紅花一朵 |
你好，之前你的回復(fù)令我受益很多。我還想向你請(qǐng)教關(guān)于建模的問題。在建立模型時(shí)，使用Amorphpus Cell-calculation，沒有選擇optimize geometry，但是仍然出現(xiàn)了與上面相同的問題，描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。與求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不選擇optimize geometry時(shí)能量偏差為8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道現(xiàn)在應(yīng)該怎么做才能成功建立模型，1.是應(yīng)該在選擇optimize geometry時(shí)，將NPT的默認(rèn)值50000kcal/mol修改為90000（大于計(jì)算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 還是2.不選擇optimize geometry，將NPT的默認(rèn)值50000kcal/mol修改為9*10^7（大于計(jì)算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 但是如果這樣修改的話就會(huì)出現(xiàn)一個(gè)問題：將NPT默認(rèn)值50000kcal/mol修改為其他值，是在前面建模過(guò)程失敗，并提示能量偏差大于NPT默認(rèn)值的情況下進(jìn)行的。難道每次建模型都要這樣不斷嘗試修改NPT默認(rèn)值嗎？ |
9樓2014-01-10 10:32:04
QIANXIN123
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您好，我現(xiàn)在也是在用Amorphous Cell模塊搭建模型，然后用Discover 模塊結(jié)構(gòu)優(yōu)化能量最小化。現(xiàn)在想搭建一個(gè)結(jié)構(gòu)是一個(gè)單獨(dú)的氯離子的模型然后去計(jì)算溶解度參數(shù)，但是在AC模塊可以搭建出來(lái)模型，但是文檔總會(huì)顯示 Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000 invoked from within......然后繼續(xù)往下做的話也能出來(lái)計(jì)算結(jié)果，可否跟你交流一下這個(gè)問題？ |
10樓2018-11-16 10:09:02
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