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敏sunflower金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Amorphous Cell建立模型結(jié)束，但狀態(tài)顯示Error 已有2人參與
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急需大俠們的幫助！最近在用Amorphpus Cell-calculation建立模型，顯示Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。 我想問(wèn)的是： 一，我在設(shè)置參數(shù)的時(shí)候并沒(méi)有設(shè)定 maximum（50000kcal/mol）這個(gè)數(shù)值啊，不知道應(yīng)該怎么做才能使運(yùn)算正確那？ 二，在Amorphous cell options中有一項(xiàng)是optimize geometry，這個(gè)在建模型的時(shí)候是否需要選擇那？ 假如有這樣兩個(gè)方案：1.在建立模型是選上optimize geometry；2.不選optimize geometry，但在建立模型之后進(jìn)行forcite-geometry optimization，構(gòu)型優(yōu)化時(shí)，兩方案參數(shù)設(shè)置相同，不知道做出來(lái)是否 有區(qū)別那？ 三，假如上面兩方案沒(méi)有區(qū)別，是不是就是說(shuō)在建立模型時(shí)若是選擇Amorphous cell options---optimize geometry，就不用再使用forcite或discover模塊進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化了？  |
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4樓2013-12-19 09:19:43
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
敏sunflower: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-12-19 09:02:42
月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-19 12:41:39
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我建立模型的時(shí)候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模塊進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化。 1 maximum（50000kcal/mol）是默認(rèn)的 ，可以通過(guò)打開(kāi)對(duì)應(yīng)的對(duì)話(huà)框修改 2 兩方案參數(shù)設(shè)置相同，結(jié)果不會(huì)有太大區(qū)別。只是構(gòu)建模型的時(shí)候使用幾何優(yōu)化比較耗時(shí)，而且你都沒(méi)有運(yùn)行成功，所以還是試試先構(gòu)建再用forcite或discover模塊優(yōu)化 3 是的 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
敏sunflower2樓2013-12-18 14:43:29
敏sunflower
金蟲(chóng) (小有名氣)
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謝謝你的回復(fù)，我還有幾個(gè)問(wèn)題： 一，我沒(méi)有找到修改maximum（50000kcal/mol）的地方，能不能指點(diǎn)一下吶？ 二，Discover模塊中只有minimization，這應(yīng)該就是能量最小化吧？而Forcite模塊里只有g(shù)eometry optimization。minimization與geometry optimization構(gòu)型優(yōu)化二者是相同的嗎？ 三，你在建立模型的時(shí)候是不是沒(méi)有在Amorphous Cell中選擇optimize geometry那？ |
3樓2013-12-19 09:09:28
【答案】應(yīng)助回帖
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敏sunflower: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-12-19 11:08:51
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-19 12:41:53
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月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-19 12:41:53
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1 我安裝的是6.0，打開(kāi)discover dynamics，，這個(gè)值就是你所需要的。 至于你為什么找不到，估計(jì)是軟件安裝不正確。 2 Discover模塊中有minimization和dynamics，minimization與優(yōu)化結(jié)構(gòu)差不多，都可以?xún)?yōu)化結(jié)構(gòu)，看手冊(cè)上的詳細(xì)定義加以理解 3我建立模型的時(shí)候用的是Amorphpus Cell-construction，沒(méi)有用calculation自然沒(méi)有選擇幾何優(yōu)化。然后使用forcite或discover模塊進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化 |
5樓2013-12-19 09:44:11
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