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敏sunflower金蟲 (小有名氣)
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[求助]
Amorphous Cell建立模型結(jié)束，但狀態(tài)顯示Error 已有2人參與
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急需大俠們的幫助！最近在用Amorphpus Cell-calculation建立模型，顯示Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。 我想問的是： 一，我在設(shè)置參數(shù)的時(shí)候并沒有設(shè)定 maximum（50000kcal/mol）這個(gè)數(shù)值啊，不知道應(yīng)該怎么做才能使運(yùn)算正確那？ 二，在Amorphous cell options中有一項(xiàng)是optimize geometry，這個(gè)在建模型的時(shí)候是否需要選擇那？ 假如有這樣兩個(gè)方案：1.在建立模型是選上optimize geometry；2.不選optimize geometry，但在建立模型之后進(jìn)行forcite-geometry optimization，構(gòu)型優(yōu)化時(shí)，兩方案參數(shù)設(shè)置相同，不知道做出來是否 有區(qū)別那？ 三，假如上面兩方案沒有區(qū)別，是不是就是說在建立模型時(shí)若是選擇Amorphous cell options---optimize geometry，就不用再使用forcite或discover模塊進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化了？  |
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敏sunflower
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送紅花一朵 |
你好，之前你的回復(fù)令我受益很多。我還想向你請教關(guān)于建模的問題。在建立模型時(shí)，使用Amorphpus Cell-calculation，沒有選擇optimize geometry，但是仍然出現(xiàn)了與上面相同的問題，描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。與求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不選擇optimize geometry時(shí)能量偏差為8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道現(xiàn)在應(yīng)該怎么做才能成功建立模型，1.是應(yīng)該在選擇optimize geometry時(shí)，將NPT的默認(rèn)值50000kcal/mol修改為90000（大于計(jì)算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 還是2.不選擇optimize geometry，將NPT的默認(rèn)值50000kcal/mol修改為9*10^7（大于計(jì)算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 但是如果這樣修改的話就會(huì)出現(xiàn)一個(gè)問題：將NPT默認(rèn)值50000kcal/mol修改為其他值，是在前面建模過程失敗，并提示能量偏差大于NPT默認(rèn)值的情況下進(jìn)行的。難道每次建模型都要這樣不斷嘗試修改NPT默認(rèn)值嗎？ |
9樓2014-01-10 10:32:04
【答案】應(yīng)助回帖
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我建立模型的時(shí)候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模塊進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化或能量最小化。 1 maximum（50000kcal/mol）是默認(rèn)的 ，可以通過打開對應(yīng)的對話框修改 2 兩方案參數(shù)設(shè)置相同，結(jié)果不會(huì)有太大區(qū)別。只是構(gòu)建模型的時(shí)候使用幾何優(yōu)化比較耗時(shí)，而且你都沒有運(yùn)行成功，所以還是試試先構(gòu)建再用forcite或discover模塊優(yōu)化 3 是的 |
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2樓2013-12-18 14:43:29
敏sunflower
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