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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » MS建模過程中出錯
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敏sunflower金蟲 (小有名氣)
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[求助]
MS建模過程中出錯 已有1人參與
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急需各位大俠的幫助�。。。。。�！ 我在建立模型時，使用Amorphpus Cell-calculation，沒有選擇optimize geometry，但是仍然出現(xiàn)了與之前求助帖中相同的問題（求助帖鏈接http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6767208），描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。與求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不選擇optimize geometry時能量偏差為8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道現(xiàn)在應該怎么做才能成功建立模型，1.是應該在選擇optimize geometry時，將NPT的默認值50000kcal/mol修改為90000（大于計算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 還是2.不選擇optimize geometry，將NPT的默認值50000kcal/mol修改為9*10^7（大于計算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 3.或者還有其他方法。 但是如果按照1或2中修改的話就會出現(xiàn)一個問題：將NPT默認值50000kcal/mol修改為其他值，是在前面建模過程失敗，并提示能量偏差（給出確定值）大于NPT默認值的情況下進行的。難道每次建模型都要這樣不斷嘗試修改NPT默認值嗎？  |
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月只藍: 金幣+2, 感謝指導 2014-01-17 13:28:24
月只藍: 金幣+2, 感謝指導 2014-01-17 13:28:24
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好亂 一會兒是AC的錯誤，一會兒是dynamic的錯誤 梳理一下 按下面步驟一步步做 1、畫好所有需要用到的分子鏈 2、AC模塊進行construction，不要勾選opti，其他都可以用默認值。 3、對生成的無定型晶胞在forcite中進行geo-opti，選擇合適的力場。需要勾選forcite中的opti-cell�？梢哉{(diào)大max iteration獲得更穩(wěn)定的構(gòu)象 4、將優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)進行需要的NPT模擬，這步再設定溫度、壓力。total simulation time看你的體系可能需要設定很大，平衡時間越長，最后的結(jié)構(gòu)越接近該溫度壓力下的穩(wěn)定結(jié)構(gòu) 如果這樣還做不下去還出錯，那我也沒辦法了 |
21樓2014-01-16 22:51:45
cg陳
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