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小木蟲論壇-學(xué)術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » MS建模過程中出錯
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敏sunflower金蟲 (小有名氣)
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[求助]
MS建模過程中出錯 已有1人參與
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急需各位大俠的幫助�。。。。。。� 我在建立模型時，使用Amorphpus Cell-calculation，沒有選擇optimize geometry，但是仍然出現(xiàn)了與之前求助帖中相同的問題（求助帖鏈接http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6767208），描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。與求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不選擇optimize geometry時能量偏差為8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道現(xiàn)在應(yīng)該怎么做才能成功建立模型，1.是應(yīng)該在選擇optimize geometry時，將NPT的默認(rèn)值50000kcal/mol修改為90000（大于計算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 還是2.不選擇optimize geometry，將NPT的默認(rèn)值50000kcal/mol修改為9*10^7（大于計算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 3.或者還有其他方法。 但是如果按照1或2中修改的話就會出現(xiàn)一個問題：將NPT默認(rèn)值50000kcal/mol修改為其他值，是在前面建模過程失敗，并提示能量偏差（給出確定值）大于NPT默認(rèn)值的情況下進行的。難道每次建模型都要這樣不斷嘗試修改NPT默認(rèn)值嗎？  |
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cg陳
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