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[交流]
對SNP和Toxicogenomics關(guān)系的理解有些疑惑，希望交流一下
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據(jù)我最近看文獻(xiàn)，SNP是基因組水平的單核苷酸多態(tài)性，而常見的Toxicogenomics實驗是對毒性應(yīng)答基因的轉(zhuǎn)錄水平進(jìn)行分析的，而關(guān)于SNP和toxicogenomics的關(guān)系是：基因組上SNP的差異會與某些抗病、抗毒能力相關(guān)，大多數(shù)研究都是單向研究，從不同測試群體（例如抗A病，易感A病兩個群體）SNP的差異尋找特定SNP跟表現(xiàn)性狀（抗病或者易感�。┑年P(guān)系。 我的疑問是：SNP能否由于外在壓力而產(chǎn)生變化？譬如對靶生物群體施毒，然后能否在基因組水平上找到SNP差異（與空白對照組：不施毒群體，的差異）呢？就是說，環(huán)境的壓力會不會在短期內(nèi)造成基因組水平的變化，這里說的是SNP的變化。 看了很多文獻(xiàn)初步得到的答案是SNP源于進(jìn)化，群體間的差異不是短期內(nèi)形成的，所以我一直找不到證實我上面疑問的文獻(xiàn)。不知道我想得對不對，希望大家給我點意見，支持我的看法還是能從新的角度回答我的疑問。謝謝大家。 |
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如您所說，“外在壓力”會引起個體SNP的差異，必須經(jīng)歷“適者生存”的過程才能在群體水平上積累SNP差異，這樣說來我的實驗設(shè)計思路可能太過簡單了：在人工養(yǎng)殖環(huán)境中，對一海洋生物群體（N>20）施加一種毒物，期望在四周后（這在一般的毒性實驗中算chronic檢測，慢性毒性）檢測該群體與對照群體（常規(guī)養(yǎng)殖無施毒）的SNP差異，這里將SNP作為一種DNA水平上的biomarker。“四周”的實驗，提供給DNA突變的時間也許太少了，所以幾乎沒有相關(guān)的研究（施毒后即檢測DNA水平差異，SNP的差異）被搜索到。 對于毒性應(yīng)答，mRNA水平和蛋白質(zhì)水平的變化是毋庸置疑的，所以可能我要立足于這兩點設(shè)計毒理實驗了。但是內(nèi)心里確實想在實驗中檢測一下原先的設(shè)計思路，個體SNP的突變也代表著群體的進(jìn)化方向吧？呵呵，真的要放棄這個方向？ |
3樓2014-01-23 17:00:05
★ ★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+4, 鼓勵交流 2014-01-23 12:29:01
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+4, 鼓勵交流 2014-01-23 12:29:01
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經(jīng)典的MutMAP方法。 我想，如果“環(huán)境的壓力”是人工選擇的話，的確能加速群體間SNP差異的形成�！癝NP源于進(jìn)化，群體間的差異不是短期內(nèi)形成的”或許是站在“漫長的自然選擇”的角度上看待問題的。進(jìn)化的本質(zhì)就是“突變與遺傳”，而人工誘變極大地提高突變頻率，人工篩選完全就是走“遺傳”捷徑。 “外在壓力”（如誘變）肯定引起個體SNP差異，但在群體上是隨機(jī)的，要形成群體間的SNP差異，必須經(jīng)歷一個“適者生存”的過程（PS：育種的擴(kuò)繁，或許與這有同功之妙）。這個過程有多長，是“仁者見仁智者見智”的問題。比如，在農(nóng)作物育種上，經(jīng)歷幾個世代，或許就能獲得一個數(shù)量可觀的SNP差異群體。 |
2樓2014-01-23 01:17:57
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
feiye2214: 金幣+10, 真是一語驚醒夢中人�。「兄x您的提醒，不然這個idea提出來會被人笑話的。我還是著手傳統(tǒng)的biomarker實驗設(shè)計吧，呵呵，gene表達(dá)量的差異是很容易檢測的，回歸正統(tǒng)實驗思路！非常感謝您！ 2014-01-26 16:45:50
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
feiye2214: 金幣+10, 真是一語驚醒夢中人�。「兄x您的提醒，不然這個idea提出來會被人笑話的。我還是著手傳統(tǒng)的biomarker實驗設(shè)計吧，呵呵，gene表達(dá)量的差異是很容易檢測的，回歸正統(tǒng)實驗思路！非常感謝您！ 2014-01-26 16:45:50
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“施毒后即檢測DNA水平差異，SNP的差異”？如果是全基因組的高通量SNP數(shù)據(jù)，我真的很懷疑實驗的可行性——有那么多的課題經(jīng)費嗎？如果，只是某些基因的SNP，那群體數(shù)量是“九牛一毛”。我不清楚您是怎么考慮突變頻率的，自然基因突變頻率是“10的負(fù)14次方”��！這就很驚奇您的毒物的“誘變率”有多高，百分之幾，還是萬分之幾？——天��！您知道不，我們?yōu)榱撕Y選五個特定的SNP位點，準(zhǔn)備了足足八千斤水稻種子以備EMS化學(xué)誘變！ |
4樓2014-01-24 23:39:35
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