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[交流]
對(duì)SNP和Toxicogenomics關(guān)系的理解有些疑惑，希望交流一下
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據(jù)我最近看文獻(xiàn)，SNP是基因組水平的單核苷酸多態(tài)性，而常見的Toxicogenomics實(shí)驗(yàn)是對(duì)毒性應(yīng)答基因的轉(zhuǎn)錄水平進(jìn)行分析的，而關(guān)于SNP和toxicogenomics的關(guān)系是：基因組上SNP的差異會(huì)與某些抗病、抗毒能力相關(guān)，大多數(shù)研究都是單向研究，從不同測(cè)試群體（例如抗A病，易感A病兩個(gè)群體）SNP的差異尋找特定SNP跟表現(xiàn)性狀（抗病或者易感病）的關(guān)系。 我的疑問是：SNP能否由于外在壓力而產(chǎn)生變化？譬如對(duì)靶生物群體施毒，然后能否在基因組水平上找到SNP差異（與空白對(duì)照組：不施毒群體，的差異）呢？就是說，環(huán)境的壓力會(huì)不會(huì)在短期內(nèi)造成基因組水平的變化，這里說的是SNP的變化。 看了很多文獻(xiàn)初步得到的答案是SNP源于進(jìn)化，群體間的差異不是短期內(nèi)形成的，所以我一直找不到證實(shí)我上面疑問的文獻(xiàn)。不知道我想得對(duì)不對(duì)，希望大家給我點(diǎn)意見，支持我的看法還是能從新的角度回答我的疑問。謝謝大家。 |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
feiye2214: 金幣+10, 真是一語驚醒夢(mèng)中人啊！感謝您的提醒，不然這個(gè)idea提出來會(huì)被人笑話的。我還是著手傳統(tǒng)的biomarker實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)吧，呵呵，gene表達(dá)量的差異是很容易檢測(cè)的，回歸正統(tǒng)實(shí)驗(yàn)思路！非常感謝您！ 2014-01-26 16:45:50
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
feiye2214: 金幣+10, 真是一語驚醒夢(mèng)中人啊！感謝您的提醒，不然這個(gè)idea提出來會(huì)被人笑話的。我還是著手傳統(tǒng)的biomarker實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)吧，呵呵，gene表達(dá)量的差異是很容易檢測(cè)的，回歸正統(tǒng)實(shí)驗(yàn)思路！非常感謝您！ 2014-01-26 16:45:50
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“施毒后即檢測(cè)DNA水平差異，SNP的差異”？如果是全基因組的高通量SNP數(shù)據(jù)，我真的很懷疑實(shí)驗(yàn)的可行性——有那么多的課題經(jīng)費(fèi)嗎？如果，只是某些基因的SNP，那群體數(shù)量是“九牛一毛”。我不清楚您是怎么考慮突變頻率的，自然基因突變頻率是“10的負(fù)14次方”��！這就很驚奇您的毒物的“誘變率”有多高，百分之幾，還是萬分之幾？——天��！您知道不，我們?yōu)榱撕Y選五個(gè)特定的SNP位點(diǎn)，準(zhǔn)備了足足八千斤水稻種子以備EMS化學(xué)誘變！ |
4樓2014-01-24 23:39:35
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+4, 鼓勵(lì)交流 2014-01-23 12:29:01
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+4, 鼓勵(lì)交流 2014-01-23 12:29:01
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經(jīng)典的MutMAP方法。 我想，如果“環(huán)境的壓力”是人工選擇的話，的確能加速群體間SNP差異的形成�！癝NP源于進(jìn)化，群體間的差異不是短期內(nèi)形成的”或許是站在“漫長(zhǎng)的自然選擇”的角度上看待問題的。進(jìn)化的本質(zhì)就是“突變與遺傳”，而人工誘變極大地提高突變頻率，人工篩選完全就是走“遺傳”捷徑。 “外在壓力”（如誘變）肯定引起個(gè)體SNP差異，但在群體上是隨機(jī)的，要形成群體間的SNP差異，必須經(jīng)歷一個(gè)“適者生存”的過程（PS：育種的擴(kuò)繁，或許與這有同功之妙）。這個(gè)過程有多長(zhǎng)，是“仁者見仁智者見智”的問題。比如，在農(nóng)作物育種上，經(jīng)歷幾個(gè)世代，或許就能獲得一個(gè)數(shù)量可觀的SNP差異群體。 |
2樓2014-01-23 01:17:57
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如您所說，“外在壓力”會(huì)引起個(gè)體SNP的差異，必須經(jīng)歷“適者生存”的過程才能在群體水平上積累SNP差異，這樣說來我的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)思路可能太過簡(jiǎn)單了：在人工養(yǎng)殖環(huán)境中，對(duì)一海洋生物群體（N>20）施加一種毒物，期望在四周后（這在一般的毒性實(shí)驗(yàn)中算chronic檢測(cè)，慢性毒性）檢測(cè)該群體與對(duì)照群體（常規(guī)養(yǎng)殖無施毒）的SNP差異，這里將SNP作為一種DNA水平上的biomarker�！八闹堋钡膶�(shí)驗(yàn)，提供給DNA突變的時(shí)間也許太少了，所以幾乎沒有相關(guān)的研究（施毒后即檢測(cè)DNA水平差異，SNP的差異）被搜索到。 對(duì)于毒性應(yīng)答，mRNA水平和蛋白質(zhì)水平的變化是毋庸置疑的，所以可能我要立足于這兩點(diǎn)設(shè)計(jì)毒理實(shí)驗(yàn)了。但是內(nèi)心里確實(shí)想在實(shí)驗(yàn)中檢測(cè)一下原先的設(shè)計(jì)思路，個(gè)體SNP的突變也代表著群體的進(jìn)化方向吧？呵呵，真的要放棄這個(gè)方向？ |
3樓2014-01-23 17:00:05
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