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a_simba銀蟲 (初入文壇)
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[交流]
【轉(zhuǎn)載】 分子對接中確定活性位點的方法 已有5人參與
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分子對接中，要確定大分子的活性位點，如果不知道活性位點可以用blind docking，但可靠性比較低。 那么如果找到活性位點呢？有以下幾種方法： 1、查閱文獻，根據(jù)文獻報道找到活性位點。 2、如果優(yōu)受體-配體的三維結(jié)構(gòu)，則可以運用配體擴張法，確定活性位點，就是以配體的位置為中心，再向外擴增一定范圍，一般為6.5到9埃，這個范圍的受體殘基就構(gòu)成了相關(guān)的活性位點。 3、利用分子空洞技術(shù)列如MOE中的site Finder模塊，然后根據(jù)經(jīng)驗規(guī)律，（疏水殘基最多的空洞為活性位點）判斷活性位點。 4、Discovery Studio Visualizer (free)觀察 配體結(jié)合位點，也可事實 from PDB Site records或from receptor cavities確定活性位點。 以上方法僅供參考。 5、有一個活性位點預測網(wǎng)上服務(wù)器 Q-Site Finder 地址http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder/ 6、找一個序列結(jié)構(gòu)類似的有配體-受體復合物的3D結(jié)構(gòu)，與未知活性位點的蛋白進行對比： 1)在PyMOL中,載入兩個蛋白 2) 用align 將未知活性位點的蛋白與配體-受體蛋白進行比對 3) 標記未知活性位點的蛋白殘基 4) 保存 比對并標記過的未知活性位點蛋白 以上方法僅供參考。 |
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yilanding
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6樓2016-01-29 16:10:03
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