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a_simba銀蟲 (初入文壇)
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[交流]
【轉(zhuǎn)載】 分子對(duì)接中確定活性位點(diǎn)的方法 已有5人參與
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分子對(duì)接中，要確定大分子的活性位點(diǎn)，如果不知道活性位點(diǎn)可以用blind docking，但可靠性比較低。 那么如果找到活性位點(diǎn)呢？有以下幾種方法： 1、查閱文獻(xiàn)，根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道找到活性位點(diǎn)。 2、如果優(yōu)受體-配體的三維結(jié)構(gòu)，則可以運(yùn)用配體擴(kuò)張法，確定活性位點(diǎn)，就是以配體的位置為中心，再向外擴(kuò)增一定范圍，一般為6.5到9埃，這個(gè)范圍的受體殘基就構(gòu)成了相關(guān)的活性位點(diǎn)。 3、利用分子空洞技術(shù)列如MOE中的site Finder模塊，然后根據(jù)經(jīng)驗(yàn)規(guī)律，（疏水殘基最多的空洞為活性位點(diǎn)）判斷活性位點(diǎn)。 4、Discovery Studio Visualizer (free)觀察 配體結(jié)合位點(diǎn)，也可事實(shí) from PDB Site records或from receptor cavities確定活性位點(diǎn)。 以上方法僅供參考。 5、有一個(gè)活性位點(diǎn)預(yù)測(cè)網(wǎng)上服務(wù)器 Q-Site Finder 地址http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder/ 6、找一個(gè)序列結(jié)構(gòu)類似的有配體-受體復(fù)合物的3D結(jié)構(gòu)，與未知活性位點(diǎn)的蛋白進(jìn)行對(duì)比： 1)在PyMOL中,載入兩個(gè)蛋白 2) 用align 將未知活性位點(diǎn)的蛋白與配體-受體蛋白進(jìn)行比對(duì) 3) 標(biāo)記未知活性位點(diǎn)的蛋白殘基 4) 保存 比對(duì)并標(biāo)記過的未知活性位點(diǎn)蛋白 以上方法僅供參考。 |
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luoting2105
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