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白云鶴TJY

新蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 可再生與替代能源利用中的

[求助] 用amber制作小分子力場時如何處理小分子的局部電荷和原子類型等參數(shù)

現(xiàn)在急需用amber制作一個小分子的charmm力場參數(shù)，費老大勁找到小分子的charmm力場下局部電荷和原子類型參數(shù)，但是按照教程中給的步驟進(jìn)行制作過程，不知道怎么使用這些電荷和原子類型參數(shù)，哪位大神給幫忙指導(dǎo)一下，謝謝！參數(shù)如下所示
Group Atom                         Type    Charge
CH3 Head Group                   CT3    -0.395306
CH3 Head Group                      HC       0.123234
NO Head Group                      NO    0.740399
NO Head Group                      ON    -0.692687
First CH2 Hydrophobic Tail       CT2    -0.255242
First CH2 Hydrophobic Tail       HC       0.065024
Second CH2 Hydrophobic Tail CT2    0.224586
Second CH2 Hydrophobic Tail HC       0.004149

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1樓 2014-02-22 19:52:40

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