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zhumeidong木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
如何查找某基因組中富含GC序列的片段？ 已有1人參與
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| 我手上有小牛胸腺DNA，我想知道這個(gè)DNA中是否有某些片段，其GC含量在65%以上？（用于pcr）序列我已經(jīng)查到了，但是要用肉眼查找高GC含量的片段著實(shí)行不通（片段長(zhǎng)度要大于100bp吧至少，必須是小牛胸腺DNA）。求高人指點(diǎn)，或者提供可靠軟件！ |
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liuderong
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫手)
- 應(yīng)助: 310 (大學(xué)生)
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- 專業(yè): 生物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhumeidong(gyesang代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-03-31 01:14:18
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| 很久以前我寫過(guò)一個(gè)計(jì)算機(jī)程序，就是專門算這個(gè)比例的。當(dāng)時(shí)我的序列比較多，如果你的序列也多，那我可以考慮把代碼發(fā)給你。如果你的序列比較少，就用比較復(fù)雜一點(diǎn)的方法吧：你把序列復(fù)制到word里面，然后調(diào)整字體大小使得每一行字符數(shù)在100左右，再在每行的末尾插入換行符（段落號(hào)），之后把整個(gè)文本的A和T字符全部用空白替換掉，剩下的就是G和C了，你看剩余比較多的就是GC含量大的地方。 |
2樓2014-03-05 15:21:56
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