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zhumeidong木蟲 (小有名氣)
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[求助]
如何查找某基因組中富含GC序列的片段？ 已有1人參與
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| 我手上有小牛胸腺DNA，我想知道這個DNA中是否有某些片段，其GC含量在65%以上？（用于pcr）序列我已經(jīng)查到了，但是要用肉眼查找高GC含量的片段著實行不通（片段長度要大于100bp吧至少，必須是小牛胸腺DNA）。求高人指點，或者提供可靠軟件！ |
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liuderong
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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【答案】應助回帖
★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
zhumeidong(gyesang代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵回帖交流！ 2014-03-31 01:14:18
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zhumeidong(gyesang代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵回帖交流！ 2014-03-31 01:14:18
| 很久以前我寫過一個計算機程序，就是專門算這個比例的。當時我的序列比較多，如果你的序列也多，那我可以考慮把代碼發(fā)給你。如果你的序列比較少，就用比較復雜一點的方法吧：你把序列復制到word里面，然后調(diào)整字體大小使得每一行字符數(shù)在100左右，再在每行的末尾插入換行符（段落號），之后把整個文本的A和T字符全部用空白替換掉，剩下的就是G和C了，你看剩余比較多的就是GC含量大的地方。 |
2樓2014-03-05 15:21:56
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